Preview

Вестник урологии

Расширенный поиск

Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование)

https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

Полный текст:

Аннотация

Введение. Сложности в ведении и лечении пациенток с неосложнённой рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей (НМП) во многом связаны с тем с тем, что в этиологической структуре заболевания остаются недоизученными бактериальная, вирусная и другие составляющие.

Цель исследования. Изучить бактериально-вирусные ассоциации в моче при неосложнённой рецидивирующей инфекции НМП.

Материалы и методы. В исследование вошли 14 пациенток с неосложнённой рецидивирующей инфекции НМП, средний возраст ‒ 33,0 ± 4,7 года. Объектом исследования являлась средняя порция утренней мочи, собранная до назначения эмпирической антибактериальной терапии. Мочу делили на 3 аликвоты: 1 – для общего анализа мочи, 2 – для бактериологического исследования, 3 – для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Результаты. В моче во всех случаях обнаружены аэробно-анаэробные ассоциации. Представители семейства Enterobacteriaceae регистрировали в 92,8% наблюдений, они были представлены E. coli (78,6%), Klebsiella spp. (14,2%), Proteus spp. (7,1%). Причём у одной пациентки одновременно (7,1%) из мочи выделяли E. coli + Klebsiella spp.

Паттерн грампозитивной микрофлоры состоял из 7 родов и/или видов и в различных комбинациях его обнаруживали у всех пациенток. Таксономическая структура грампозитивной флоры была представлена: E. Faecalis (64,3%), S. lentus (21,4%), Corynebacterium spp., S. warneri, E. faecium (по 14,3%), S. epidermidis + E. coli регистрировали у 4 (28,6%) женщин, E. faecalis + E. faecium + E. coli + Klebsiella spp. – у 1 (7,1%), E. faecalis + E. faecium + E. Coli также у 1 (7,1%) пациентки.

Неклостридиальные анаэробные бактерии (НАБ) выделяли из мочи во всех наблюдениях при доминировании Eubacterium spp. (57,1%). Таксономическая структура НАБ была представлена 5 родами: Eubacterium spp., Peptostreptococcus spp., Peptococcus spp., Bifidobac-terium spp., Propionibacterium spp.

Вирусы выявили в моче у 6 (42,9%) пациенток. У 4 (28,6%) из них обнаружен вирус Эпштейна-Барра (EBV), причём в 1 случае в ассоциации с вирусом папилломы человека (HPV53), в двух других случаях (по 7,1%) верифицировали цитомегаловирус (CMV) и вирус герпеса человека типа 6 (HHV6) соответственно.

Выводы.У пациенток с неосложнённой рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей в 42,9% случаев в моче верифицированы вирусы с доминированием EBV (28,6%). Лечение данной когорты пациенток, повидимому, должно быть направлено не только на бактериальный, но и вирусный компоненты микробиоты мочи.

Для цитирования:


Набока Ю.Л., Коган М.И., Морданов С.В., Ибишев Х.С., Ильяш А.В., Гудима И.А. Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2019;7(4):13-19. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

For citation:


Naboka J.L., Kogan M.I., Mordanov S.V., Ibishev K.S., Ilyash A.V., Gudima I.A. Bacterial-viral Urine Microbiota in Uncomplicated Recurrent Infection of the Lower Urinary Tract: Results of Pilot Study. Urology Herald. 2019;7(4):13-19. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

Введение

На сегодняшний день, на наш взгляд, сложилась несколько тупиковая си­туация по ведению и лечению паци­ентов, а чаще это женщины, с неосложнённой рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей (НРИНМП). Антибактериальная терапия (АБТ) имеет низкую эффективность, причина которой многофакторна [1, 2]. В 2018 году Гайдлайн EAU [3] содержал две, на наш взгляд, вза­имоисключающие рекомендации: «у пациентов с типичными симптомами неосложнённого ци­стита анализ мочи (посев на стерильность, ана­лиз тест-полоской) имеет ограниченную диа­гностическую ценность», а с другой стороны «у женщин с симптомами неосложнённого цисти­та диагностически значимым является уровень бактериурии ≥103 КОЕ/мл (УД3).

Первая мысль вызывает массу вопросов. Как странно звучит сочетание слов «посев на стерильность»! Если признать, что к 2018 году всем, наконец, стало известно о нестерильно- сти мочи здоровых людей [4], то понятно, что со стороны EAU это неудачная игра слов и дефини­ций. Тем не менее, несмотря, на ограниченность диагностических тестов, уровень бактериурии в Гайдлайне 2018 года все-таки приводился. В рекомендациях EAU 2019 года [5] уже не найти уровень диагностически значимой бактериурии и «точный диагноз неосложнённого цистита мо­жет быть основан на прицельном анализе сим­птомов нижних мочевых путей при отсутствии вагинальных выделений и болезненности» (УД 2b). При этом, к сильному уровню доказатель­ности относят: «посев мочи в следующих случа­ях: при наличии симптомов, которые не прохо­дят или рецидивируют в течение 4 недель после завершения лечения, у женщины с атипичными симптомами, у беременных». Очень сложно сказать насколько этот вариант рекомендации повысит эффективность лечения НРИНМП. Во- первых, достаточно сложно оценить пациента, у которого симптомы не проходят в течение меся­ца, и пациент ждёт следующего шага врача в его обследовании. Во-вторых, сложность в обследо­вании и лечении пациентов с НРИНМП связана ещё и с тем, что в этиологической структуре за­болевания остаются недоизученными бактери­альная, вирусная и другие составляющие.

Мы неоднократно писали о том, что «зато- ченность» исследователей только на представи­телях семейства Enterobacteriaceae - это тупи­ковый путь в изучении данной проблемы. При наличии в макроорганизме человека в норме 100 триллионов бактерий [6] сложно предпо­ложить, что только энтеробактерии обусловли­вают развитие НРИНМП. На сегодняшний день многие исследователи пишут о роли грампо- зитивной, анаэробной микрофлоры и вирусов в этиологической структуре инфекций нижних мочевых путей [7-9].

Цель исследования: изучить бактериально­вирусные ассоциации мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей.

Материалы и методы

В пилотное исследование вошли 14 паци­енток с НРИНМП, средний возраст - 33,0 + 4,7 года. Критерии включения: наличие в анамнезе клинических проявлений рецидивирующей ин­фекции нижних мочевых путей, наличие двух обострений в течение 6 месяцев или трёх реци­дивов в течение 1 года, отсутствие заболеваний, передающихся половым путём в анамнезе и на момент исследования, согласие обследуемых на участие в исследовании. Объектом исследо­вания являлась средняя порция утренней мочи, собранной после соответствующей гигиениче­ской процедуры, до назначения эмпирической АБТ в стерильный одноразовый контейнер Ster­ile Uricol (for urine sample collection, overflow­ing capacity 50 ml, «HiMedia»). Мочу делили на 3 аликвоты: 1 - для общего анализа мочи, 2 - для бактериологического исследования, 3 - для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР). Бактериологическое исследование мочи проводили на основании клинических рекомен­даций (2014) [10], но с применением расширен­ного набора различных питательных сред для культивирования факультативно-анаэробных (ФАБ) и неклостридиальных анаэробных (НАБ) бактерий [11, 12]. Определение вирусных аген­тов осуществляли методом ПЦР с детекцией в режиме «реального времени». Выделение ДНК производили сорбционным методом с исполь­зованием набора «АмплиПрайм ДНК-сорб-В» («НекстБио») из образцов мочи, с предвари­тельным концентрированием (центрифугиро­вание 5 минут при 10000g). Для выявления ДНК герпесвирусов человека типов 1, 2, 4, 5, 6, 7, 8 использовали наборы реагентов: «АмплиСенс® EBV/CMV/HHV6-cкрин-FL», (ФБУН ЦНИИЭ Ро­спотребнадзора), «HSV1/HSV2/CMV ГерпесКом- плекс», «Набор реагентов HHV8 для выявления ДНК вируса герпеса человека 8 типа» («ДНК- технология»), «Human Herpes virus 7 GenPak DNA-Fluo PCR test» (НПФ «Генлаб»). Определе­ние ДНК вируса папилломы человека (HPV 6, 11, 16, 18, 26, 31, 33, 35, 39, 44, 45, 51, 52, 53, 56, 58, 59, 66, 68, 73, 82) осуществляли набором реагентов «HPV квант-21» (ДНК-технология), поиск ДНК Parvovirus B19 выполняли набором «АмплиСенс® Parvovirus B19-FL» (ФБУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора).

Результаты

В моче во всех случаях обнаружены аэробно­анаэробные ассоциации. Представители семей­ства Enterobacteriaceae регистрировали в 92,8% наблюдений, они были представлены E. coli (78,6%), Klebsiella spp. (14,2%), Proteus spp. (7,1%). Причём у одной пациентки одновременно (7,1%) из мочи выделяли E. coli + Klebsiella spp. Средний уровень бактериурии для энтеробактерий соста­вил 104,4 КОЕ/мл с размахом колебаний от 102,0 КОЕ/мл до 107,0 КОЕ/мл.

Паттерн грампозитивной микрофлоры состо­ял из 7 родов и/или видов и в различных комби­нациях его обнаруживали у всех пациенток. Так - сономическая структура грампозитивной флоры была представлена: E. faecalis (64,3%), S. lentus (21,4%), Corynebacterium spp., S. warneri, E. fae- cium (по 14,3%), S. epidermidis + E. coli регистри­ровали у 4 (28,6%) женщин, E. faecalis + E. faecium + E. coli + Klebsiella spp. - у 1 (7,1%), E. faecalis + E. faecium + E. coli также у 1 (7,1%) пациентки.

Неклостридиальные анаэробные бактерии (НАБ) выделяли из мочи во всех наблюдениях при доминировании Eubacterium spp. (57,1%). Таксономическая структура НАБ была представ­лена 5 родами: Eubacterium spp., Peptostrepto- coccus spp., Peptococcus spp., Bifidobacterium spp., Propionibacterium spp.

Вирусы выявили в моче у 6 (42,9%) пациен­ток. У 4 (28,6%) из них обнаружен вирус Эпштей­на-Барра (EBV), причём в 1 случае в ассоциации с вирусом папилломы человека (HPV53), в двух других случаях (по 7,1%) верифицировали цитомегаловирус (CMV) и вирус герпеса человека типа 6 (HHV6) соответственно.

Приводим примеры ассоциаций бактерий и вирусов у пациенток с НРИНМП (табл. 1).

 

Таблица 1. Результаты бактериологического и ПЦР исследований

Table 1. The results of bacteriological and PCR studies

Возраст

Age

Аэробы / Aerobes

Анаэробы / Anaerobes

Вирусы

Viruses

Микроорганизмы

Microorganisms

Концентрация (КОЕ / мл)

Microbial load (CFU / ml)

Микроорганизмы

Microorganisms

Концентрация (КОЕ / мл)

Microbial load (CFU / ml)

1

22

E. coli

106,0

Peptococcus spp.

102,0

CMV

2

26

E. coli

106,0

Peptostreptococcus spp.

102,0

EBV

3

18

E. coli

Corynebacterium spp.

S. warneri

E. faecalis

102,0

102,0

102,0

102,0

Eubacterium spp. Peptococcus spp.

106,0

102,0

EBV

4

19

E. coli

107,0

Peptostreptococcus spp.

102,0

EBV +

HPV53

 

 

S. lentus

102,0

Eubacterium spp.

106,0

5

29

E. faecalis

Klebsiella spp.

102,0

102,0

Peptococcus spp.

102,0

HHV6

6

23

E. coli

S. lentus

103,0

103,0

Eubacterium spp.

105,0

EBV

 

 

E. faecalis

102,0

Propionibacterium spp.

102,0

Примечания: EBV - вирус Эпштейна-Барр, HHV6 - вирус герпеса человека типа 6, HPV53 - вирус папилломы человека тип 53, CMV - цитомегаловирус

Notes: EBV - Epstein-Barr virus, HHV6 - human herpes simplex virus type 6, HPV53 - human papillomavirus type 53, CMV- cytomegalovirus

Обсуждение

В данном пилотном исследовании мы под­робно привели результаты тех пациенток с НРИНМП, у которых в моче обнаружены вирусы.

Мы хотим обратить внимание, что вирусы вери­фицированы в моче молодых женщин в возраст­ном диапазоне от 18 до 29 лет. В проведённой ранее работе по исследованию вирусо-бактериальных ассоциаций в моче здоровых женщин (n=20) лишь у одной обследуемой (5,0%) в воз­расте 43 лет были верифицированы HHV6 [13]. При НРИНМП мы наблюдаем совсем другую ситуацию - доминирование в моче EBV. Ана­лизируя бактериальную составляющую микро­биоты мочи, вырисовывается картина сужения бактериального спектра микроорганизмов, ве­рифицированного в моче при НРИНМП. Так, у здоровых людей в моче обнаружено 27 родов и/или видов микроорганизмов, а при НРИНМП - всего 15 (p<0,05). Причём, в норме представи­тели семейства Enterobacteriaceae были пред­ставлены E. coli (10,0%), Klebsiella spp., Proteus spp. (по 5,0%), Enterobacter spp., Citrobacter spp. (по 2,5%). А в настоящем пилотном исследо­вании доминирующим видом явилась E. coli (78,6%), реже регистрировали Klebsiella spp. и Proteus spp. (14,2% и 7,1% соответственно). Об­ращает на себя внимание значимо (p<0,05) уз­кий спектр НАБ в моче пациенток с РНИНМП (5 родов) по сравнению со здоровыми женщина­ми (12 родов). 

Если проанализировать приведённые дан­ные по верификации вирусо-бактериальных ас­социаций в моче пациенток с НРИНМП, то воз­никает несколько вопросов. Во всех случаях в моче верифицированы каузативные патогены: энтеробактерии и/или энтерококки и вирусы. Так вот, на что должно быть направлено лечение, в первую очередь, на какую составляющую - бактериальную или вирусную, или на обе одно­временно, или что-то можно игнорировать? Какой патоген явился триггером инфекционно­воспалительного процесса? Какое значение в приведённых микробных композициях имеют неклостридиальные анаэробные микроорга­низмы? Они немые свидетели развивающейся драмы или же соучастники очередного рециди­ва?

Бесспорно, вопросов много, а кто имеет от­веты? Наши дальнейшие исследования будут направлены на увеличение когорты обследуе­мых, проведение морфологических исследова­ний биоптатов мочевого пузыря, анализ резуль­татов различных вариантов терапии.

К сожалению, в рекомендациях EAU 2019 года не отражены персонифицированные под­ходы к обследованию и лечению этой очень сложной когорты пациенток.

Выводы

У пациенток с неосложнённой рецидиви­рующей инфекцией нижних мочевых путей в 42,9% случаев в моче верифицированы вирусы с доминированием EBV (28,6%). Лечение данной когорты пациенток, по-видимому, должно быть направлено не только на бактериальный, но и вирусный компоненты микробиоты мочи.

Список литературы

1. Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и исследовательская группа «ДАРМИС-2018». Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):134- 146. DOI: 10.36488/cmac.2019.2.134-146

2. Рафальский В.В. Антибиотикорезистентность возбудителей неосложненных инфекций мочевых путей в Российской Федерации. Вестник урологии. 2018;6(3):50-56. DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-50-56

3. Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2018. Доступно по: https://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/?type= archive Ссылка активна на 07.11.2019

4. Набока Ю.Л., Гудима И.А. Коган М.И., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин. Урология. 2010;5:7-10. eLIBRARY ID: 15242297

5. Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2019. Доступно по: hTTps://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/ Ссылка активна на 07.11.2019

6. NIH Human Microbiome Project. Доступно по: https://hmpdacc.org/hmp/ Ссылка активна на 07.11.2019.

7. Крахоткин Д.В., Иванов С.Н., Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Ильяш А.В., М.Э. Савкин, В.В. Красулин, Д.В. Сизякин. Вирусные патогены при урологических заболеваниях. Медицинский вестник Юга России. 2018;9(4):14- 21. DOI 10.21886/2219-8075-2018-9-4-14-21

8. Набока Ю.Л., Коган М.И., Васильева Л.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С. Бактериальная микстинфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;1:8-12. eLIBRARY ID: 19059389

9. Ибишев Х.С., Крахоткин Д.В., Васильев А.А., Крайний П.А. Рецидивирующая инфекция нижних мочевых путей вирусной этиологии. Вестник урологии. 2017;5(1):26-31. DOI: 10.21886/2308-6424-2017-5-1-26-31

10. Козлов Р.С., Меньшиков В.В., Михайлова В.С., Шуляк Б.Ф., Долгих Т.И., Круглов А.Н., Алиева Е.В., В.Е. Маликова. Бактериологический анализ мочи: клинические рекомендации. М., 2014.

11. Патент РФ на изобретение № 2452773/ 10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. Ковалева Е.А., Ибишев Х.С., Васильева Л.И., Газаев З.И., Остапенко Н.С. Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452773C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.

12. Патент РФ на изобретение 2452774/10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С., Брагина Л.Е., Фирзаули А.Х., Джалагония О.Т. Способ определения бактериологической обсеменённости мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452774C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.

13. Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В. Вирусо-бактеральные ассоциации, верифицированные в моче здоровых людей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2018;6(3):44-49. DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49


Об авторах

Ю. Л. Набока
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия
Юлия Лазаревна Набока – д.м.н., профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1


М. И. Коган
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия
Михаил Иосифович Коган – Заслуженный деятель науки РФ, д.м.н., профессор; заведующий кафедрой урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии


С. В. Морданов
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия
Сергей Викторович Морданов – к.м.н., ассистент кафедры гематологии и трансфузиологии с курсом клинической лабораторной диагностики, генетики и лабораторной генетики


Х. С. Ибишев
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия
Халид Сулейманович Ибишев – д.м.н., доцент; профессор кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии


А. В. Ильяш
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия
Анна Владимировна Ильяш ‒ к.м.н.; ассистент кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии


И. А. Гудима
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФ
Россия

Гудима Ирина Александровна – к.м.н., доцент; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1

тел.: +7 (903) 406-65-16



Для цитирования:


Набока Ю.Л., Коган М.И., Морданов С.В., Ибишев Х.С., Ильяш А.В., Гудима И.А. Бактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2019;7(4):13-19. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

For citation:


Naboka J.L., Kogan M.I., Mordanov S.V., Ibishev K.S., Ilyash A.V., Gudima I.A. Bacterial-viral Urine Microbiota in Uncomplicated Recurrent Infection of the Lower Urinary Tract: Results of Pilot Study. Urology Herald. 2019;7(4):13-19. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19

Просмотров: 458


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2308-6424 (Online)