urovestВестник урологииUrology Herald2308-6424Rostov State Medical University10.21886/2308-6424-2019-7-4-13-19urovest-279Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESБактериально-вирусная микробиота мочи при неосложнённой рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей (пилотное исследование)Bacterial-viral Urine Microbiota in Uncomplicated Recurrent Infection of the Lower Urinary Tract: Results of Pilot Studyhttps://orcid.org/0000-0002-0937-4573НабокаЮ. Л.NabokaJu. L.

Юлия Лазаревна Набока – д.м.н., профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1

Yulia L. Naboka – M.D., Dr.Sc.(M), Full Professor; Head, Dept.of Microbiology and Virology №1

nagu22@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1710-0169КоганМ. И.KoganM. I.

Михаил Иосифович Коган – Заслуженный деятель науки РФ, д.м.н., профессор; заведующий кафедрой урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии

Mikhail I. Kogan – Honored Scientist of Russian Federation, M.D., Dr.Sc.(M), Full Professor; Head, Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology course)

dept_kogan@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-7924-4945МордановС. В.MordanovS. V.

Сергей Викторович Морданов – к.м.н., ассистент кафедры гематологии и трансфузиологии с курсом клинической лабораторной диагностики, генетики и лабораторной генетики

Sergey V. Mordanov – M.D., Cand.Sc.(M), Assistant, Dept. of Hematology and Transfusiology with a Сourse of Сlinical Laboratory Diagnostics, Genetics and Laboratory Genetics

labmed@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2954-842XИбишевХ. С.IbishevKh. S.

Халид Сулейманович Ибишев – д.м.н., доцент; профессор кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии

Khalid S. Ibishev – M.D., Dr.Sc.(M), Associate Professor (Docent), Professor, Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology Course)

ibishev22@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8433-8567ИльяшА. В.IlyashA. V.

Анна Владимировна Ильяш ‒ к.м.н.; ассистент кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии

Anna V. Il’yash ‒ M.D., Cand.Sc.(M), Assistant, Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology Course)

annailyash@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0995-7848ГудимаИ. А.GudimaI. A.

Гудима Ирина Александровна – к.м.н., доцент; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1

тел.: +7 (903) 406-65-16

Irina A. Gudima – M.D., Cand.Sc.(M), Associate Professor (Docent); Associate Professor, Dept. of Microbiology and Virology №1

tel.: +7 (903) 406-65-16

nagu22@mail.ruФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» МЗ РФРоссияRostov State Medical UniversityRussian Federation201903012020741319Copyright © Набока Ю.Л., Коган М.И., Морданов С.В., Ибишев Х.С., Ильяш А.В., Гудима И.А., 20202020Набока Ю.Л., Коган М.И., Морданов С.В., Ибишев Х.С., Ильяш А.В., Гудима И.А.Naboka J.L., Kogan M.I., Mordanov S.V., Ibishev K.S., Ilyash A.V., Gudima I.A.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.urovest.ru/jour/article/view/279Введение

Введение. Сложности в ведении и лечении пациенток с неосложнённой рецидивирующей инфекцией нижних мочевых путей (НМП) во многом связаны с тем с тем, что в этиологической структуре заболевания остаются недоизученными бактериальная, вирусная и другие составляющие.

Цель исследования

Цель исследования. Изучить бактериально-вирусные ассоциации в моче при неосложнённой рецидивирующей инфекции НМП.

Материалы и методы

Материалы и методы. В исследование вошли 14 пациенток с неосложнённой рецидивирующей инфекции НМП, средний возраст ‒ 33,0 ± 4,7 года. Объектом исследования являлась средняя порция утренней мочи, собранная до назначения эмпирической антибактериальной терапии. Мочу делили на 3 аликвоты: 1 – для общего анализа мочи, 2 – для бактериологического исследования, 3 – для постановки полимеразной цепной реакции (ПЦР).

Результаты

Результаты. В моче во всех случаях обнаружены аэробно-анаэробные ассоциации. Представители семейства Enterobacteriaceae регистрировали в 92,8% наблюдений, они были представлены E. coli (78,6%), Klebsiella spp. (14,2%), Proteus spp. (7,1%). Причём у одной пациентки одновременно (7,1%) из мочи выделяли E. coli + Klebsiella spp.

Паттерн грампозитивной микрофлоры состоял из 7 родов и/или видов и в различных комбинациях его обнаруживали у всех пациенток. Таксономическая структура грампозитивной флоры была представлена: E. Faecalis (64,3%), S. lentus (21,4%), Corynebacterium spp., S. warneri, E. faecium (по 14,3%), S. epidermidis + E. coli регистрировали у 4 (28,6%) женщин, E. faecalis + E. faecium + E. coli + Klebsiella spp. – у 1 (7,1%), E. faecalis + E. faecium + E. Coli также у 1 (7,1%) пациентки.

Неклостридиальные анаэробные бактерии (НАБ) выделяли из мочи во всех наблюдениях при доминировании Eubacterium spp. (57,1%). Таксономическая структура НАБ была представлена 5 родами: Eubacterium spp., Peptostreptococcus spp., Peptococcus spp., Bifidobac-terium spp., Propionibacterium spp.

Вирусы выявили в моче у 6 (42,9%) пациенток. У 4 (28,6%) из них обнаружен вирус Эпштейна-Барра (EBV), причём в 1 случае в ассоциации с вирусом папилломы человека (HPV53), в двух других случаях (по 7,1%) верифицировали цитомегаловирус (CMV) и вирус герпеса человека типа 6 (HHV6) соответственно.

Introduction

Introduction. Difficulties in the management and treatment of patients with uncomplicated recurrent lower urinary tract infection (LUTI) are largely because bacterial, viral and other components remain unexplored in the etiological structure of the disease.

Purpose of the study

Purpose of the study. To study the urine bacterial-viral associations in uncomplicated recurrent infections of the lower urinary tract (LUT).

Materials and methods

Materials and methods. The study included 14 patients with uncomplicated recurrent infections of the LUT, the average age was 33.0 ± 4.7 years. The object of the study was the average portion of morning urine collected prior to the appointment of empirical antibiotic therapy. Urine was divided into 3 aliquots: 1 for general urine analysis, 2 for bacteriological examination, 3 for polymerase chain reaction (PCR).

Results

Results. Aerobic-anaerobic associations were found in urine in all cases. Enterobacteriaceae family representatives were discovered in 92.8% of cases; they were represented by E. coli (78.6%), Klebsiella spp. (14.2%), Proteus spp. (7.1%). Moreover, in one patient at the same time (7.1%) E. coli + Klebsiella spp was isolated from urine.

The gram-positive microflora pattern consisted of 7 genera and / or species and in various combinations was found in all patients. The taxonomic structure of the gram-positive flora was represented by E. faecalis (64.3%), S. lentus (21.4%), Corynebacterium spp., S. warneri, E. faecium (14.3% each), S. epidermidis + E. coli was recorded in 4 (28.6%) women, E. faecalis + E. faecium + E. coli + Klebsiella spp. - in 1 (7.1%), E. faecalis + E. faecium + E. coli also in 1 (7.1%) patients.

Non-clostridial anaerobic bacteria (NAB) were isolated from urine in all cases with Eubacterium spp dominating. (57.1%). The taxonomic structure of NAB was represented by 5 genera: Eubacterium spp., Peptostreptococcus spp., Peptococcus spp., Bifidobacterium spp., Propionibacterium spp.

Viruses were detected in urine in 6 (42.9%) patients. Epstein-Barr virus (EBV) was detected in 4 (28.6%) of them, moreover, in 1 case, in association with human papillomavirus (HPV53), in two other cases (7.1% each), cytomegalovirus (CMV) was verified and human herpes simplex virus type 6 (HHV6), respectively.

Conclusions

Conclusions. In patients with uncomplicated recurrent LUTI, viruses with a prevalence of EBV were verified in urine in 42.9% of cases (28.6%). Apparently, the treatment of this patients` cohort should be directed not only to the bacterial, but also the viral components of the urinary microbiota.

неосложнённые рецидивирующие инфекциинижние мочевые путимикробиотамикробные взаимосвязивиробиотавирусыметагеномное секвенированиекультуральное исследование мочиuncomplicated recurrent infectionslower urinary tractmicrobiotamicrobial relationshipsvirobiotaviruses metagenomic sequencingurine cultureИсследование выполнено в рамках государственного задания «Вирусурия и её этиологическое значение в развитии инфекции мочевых путей (ИМП)», № АААА-А18-118013090197-8 от 30.01.2018 года. Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.The study was carried out as part of the state scientific assignment «Virusuria and its etiological value in the development of urinary tract infection (UTI)», No. AAAA-A18-118013090197-8 of 01.30.2018. The authors have declared no conflicts of interest.ReferencesПалагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С. и исследовательская группа «ДАРМИС-2018». Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019;21(2):134- 146. DOI: 10.36488/cmac.2019.2.134-146Palagin I.S., Sukhorukova M.V., Dekhnich A.V., Edelstein M.V., Perepanova T.S., Kozlov R.S. and “DARMIS-2018” Study Group* Antimicrobial resistance of pathogens causing community-acquired urinary tract infections in Russia: results of multicenter study “DARMIS-2018”. Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy. 2019;21(2):134-146. (In Russ.). DOI: 10.36488/cmac.2019.2.134-146Рафальский В.В. Антибиотикорезистентность возбудителей неосложненных инфекций мочевых путей в Российской Федерации. Вестник урологии. 2018;6(3):50-56. DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-50-56Rafalsky V.V. Antibiotic resistance of pathogens causing uncomplicated urinary tract infections in Russian Federation. Urology Herald. 2018;6(3):50-56. (In Russ.). DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-50-56Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2018. Доступно по: https://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/?type= archive Ссылка активна на 07.11.2019Urological Infections. EAU Guidelines 2018. Available at: https://uroweb.org/guideline/urological-infections/?type= archive Accessed November 07, 2019.Набока Ю.Л., Гудима И.А. Коган М.И., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин. Урология. 2010;5:7-10. eLIBRARY ID: 15242297Naboka Yu.L., Gudyma I.A., Kogan M.I., Chernitskaya M.L. Bacterial spectrum of the urine in young healthy women. Urologiia. 2010;5:7-10. (In Russ.). eLIBRARY ID: 15242297Urological InfecTIons. EAU Guidelines 2019. Доступно по: hTTps://uroweb.org/guideline/urological-infecTIons/ Ссылка активна на 07.11.2019Urological Infections. EAU Guidelines 2019. Available at: https://uroweb.org/guideline/urological-infections/ Accessed November 07, 2019.NIH Human Microbiome Project. Доступно по: https://hmpdacc.org/hmp/ Ссылка активна на 07.11.2019.NIH Human Microbiome Project. Available at: hTT ps://hmpdacc. org/hmp/ Accessed November 07, 2019.Крахоткин Д.В., Иванов С.Н., Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Ильяш А.В., М.Э. Савкин, В.В. Красулин, Д.В. Сизякин. Вирусные патогены при урологических заболеваниях. Медицинский вестник Юга России. 2018;9(4):14- 21. DOI 10.21886/2219-8075-2018-9-4-14-21Krakhotkin D.V., Ivanov S.N., Naboka Y.L., Kogan M.I., Gudima I.A., Ilyash A.V., M.Е. Savkin, V.V. Krasulin, D.V. Sizya kin. Viral pathogens in urological diseases. Medical Herald of the South of Russia. 2018;9(4):14-21. (In Russ.). DOI 10.21886/2219-8075-2018-9-4-14-21Набока Ю.Л., Коган М.И., Васильева Л.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С. Бактериальная микстинфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;1:8-12. eLIBRARY ID: 19059389Naboka Yu.L., Kogan M.I., Vasilyeva L.I., Gudima I.A., Miroshnichenko E.A., Ibishev Kh.S. Bacterial mixed i infecTIon in women with chronic recurrent cystitis. Zhurnal mikrobiologii, jepidemiologii i immunobiologii. 2011;1:8-12. (In Russ.). eLIBRARY ID: 19059389Ибишев Х.С., Крахоткин Д.В., Васильев А.А., Крайний П.А. Рецидивирующая инфекция нижних мочевых путей вирусной этиологии. Вестник урологии. 2017;5(1):26-31. DOI: 10.21886/2308-6424-2017-5-1-26-31Ibishev H.S., Krakhotkin D.V., Vasiliev A.A., Krayniy P.A. Viral eTIology of recurrent urinary tract infecTIons. Herald Urology. 2017;5(1):26-31. (In Russ.). DOI: 10.21886/2308-6424- 2017-5-1-26-31Козлов Р.С., Меньшиков В.В., Михайлова В.С., Шуляк Б.Ф., Долгих Т.И., Круглов А.Н., Алиева Е.В., В.Е. Маликова. Бактериологический анализ мочи: клинические рекомендации. М., 2014.Kozlov R.S., Men’shikov V.V., Mihajlova V.S., Shuljak B.F., Dolgih T.I., Kruglov A.N., Alieva E.V., V.E. Malikova. Bacteriological exanimaTIon of urine: clinical guidelines. Moscow, 2014. (In Russ.).Патент РФ на изобретение № 2452773/ 10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. Ковалева Е.А., Ибишев Х.С., Васильева Л.И., Газаев З.И., Остапенко Н.С. Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452773C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.Patent RF na izobretenie № 2452773/ 10.06.2012 Bjul. № 16. Naboka Ju.L., Kogan M.I., Gudima I.A. Kovaleva E.A., Ibishev H.S., Vasil’eva L.I., Gazaev Z.I., Ostapenko N.S. Sposob opredelenija bakteriologicheskoj obsemenennosti mochi, sekreta predstatel’noj zhelezy, jejakuljata. (In Russ.). Available at: https://patents.s3.yandex.net/ RU2452773C1_20120610.pdf Accessed November 07, 2019.Патент РФ на изобретение 2452774/10.06.2012 Бюл. № 16. Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С., Брагина Л.Е., Фирзаули А.Х., Джалагония О.Т. Способ определения бактериологической обсеменённости мочи, секрета предстательной железы, эякулята. Доступно по: https://patents.s3.yandex. net/RU2452774C1_20120610.pdf Ссылка активна на 07.11.2019.Patent RF na izobretenie 2452774/10.06.2012 Bjul. № 16. Naboka Ju.L., Kogan M.I., Gudima I.A., Miroshnichenko E.A., Ibishev H.S., Bragina L.E., Firzauli A.H., Dzhala-gonija O.T. Sposob opredelenija bakteriologicheskoj obsemenjonnosti mochi, sekreta predstatel’noj zhelezy, jejakuljata. (In Russ.). Available at: Accessed November 07, 2019.Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В. Вирусо-бактеральные ассоциации, верифицированные в моче здоровых людей (пилотное исследование). Вестник урологии. 2018;6(3):44-49. DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49Naboka Yu.L., Il’yash A.V., Krakhotkin D.V. Virus and bacterial associaTIons verifi ed in the urine of healthy subjects (pilot study). Urology Herald. 2018;6(3):44-49. (In Russ.). DOI: 10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49

The authors declare that there are no conflicts of interest present.