Preview

Вестник урологии

Расширенный поиск

Мониторинг микробиоты мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре

https://doi.org/10.21886/2308-6424-2020-8-3-47-57

Полный текст:

Аннотация

Введение. По ведению пациентов с рецидивирующей неосложненной инфекцией нижних мочевых путей (РНИНМП) консенсус отсутствует, что крайне затрудняет проведение эффективной терапии.

Цель исследования. Изучение микробных паттернов мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре с 2010 по 2017 год.

Материалы и методы. Ретроспективно (2010 - 2017 гг.) проанализированы результаты бактериологического исследования и данные индивидуальных антибиотикограмм пациенток с РНИНМП (n=502). Критерии включения в исследование: согласие пациенток на участие в исследовании, наличие в анамнезе клинических проявлений РНИНМП, двух обострений в течение полугода или трех обострений в течение года, лейкоцитурия в общем анализе мочи, отсутствие в анамнезе и на момент исследования заболеваний, передающихся половым путем, а также вагинальных выделений. Проведены бактериологические исследования средней порции утренней мочи до назначения антибактериальной терапии с определением антибиотикочувствительности/резистентности и продукции р-лактамаз расширенного спектра выделенных микроорганизмов. Помимо стандартного набора питательных сред использовали хромогенные среды, аэробные и анаэробные условия культивирования. Статистический анализ проводили в среде статистической обработки и визуализации данных «Rver 3.2» («RFoundationforStatisticalComputing», Вена, Австрия).

Результаты. В течение 8 летнего мониторинга микробиота мочи пациенток с РНИНМП характеризовалась определенным постоянством микробных паттернов, но с преобладанием (94,1% - 99,1%) анаэробно-аэробных ассоциаций. Антибиотикорезистентность большинства каузативных и дискутабельных уропатогенов нарастала, также нарастала частота обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра. Значимых отличий средних уровней бактериурии в исследуемый период для большинства таксонов микроорганизмов не выявлено.

Выводы. У пациенток с РНИНМП частоты обнаружения E.coli колеблются около 50,0%, для других каузативных патогенов отмечен более низкий показатель частоты обнаружения, тогда как неклостридиальные анаэробные бактерии выделяются в 96,6% случаев. Нарастает антибиотикорезистентность каузативных и дискутабельных патогенов и увеличиваются частоты обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра, что диктует необходимость пересмотра этиологической структуры и подходов к эмпирической терапии РНИНМП.

Об авторах

Ю. Л. Набока
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Юлия Лазаревна Набока - доктор медицинских наук, профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



А. К. Алькина
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Анна Константиновна Алькина – студентка.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



М. И. Коган
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Михаил Иосифович Коган - Заслуженный деятель науки РФ, доктор медицинских наук, профессор; заведующий кафедрой урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



И. А. Гудима
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Ирина Александровна Гудима - кандидат медицинских наук, доцент; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



Х. С. Ибишев
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Халид Сулейманович Ибишев - доктор медицинских наук, доцент; профессор кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



К. Т. Джалагония
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Kсения Теймуразовна Джалагония - ассистент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



М. Л. Черницкая
ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России
Россия

Марина Леонидовна Черницкая - кандидат медицинских наук; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29



Список литературы

1. Шевяков М.А. Иммунотерапия инфекционно-воспалительных заболеваний мочевыводящих путей и ее эффективность. Урология. 2013;2:98-102. eLIBRARY ID: 19049071

2. Schaeffer AJ, Matulewicz RS, Klumpp DJ. Infections of the Urinary Tract. In Wein AJ, et al, editors, Campbell-Walsh Urology, Eleventh Edition. Philadelphia: Elsevier-Saunders. 2016

3. Guidelines on urological infections. EAU. 2019; 1374.

4. Меньшиков В.В. Методики клинических лабораторных исследований. М.: Лабора; 2009.

5. Клинические рекомендации «Бактериологический анализ мочи». М.;2014.

6. Патент РФ № 2452774 «Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята» (Бюл. №16, 2012 г.). Авторы: Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. [и др.].

7. Методические указания МУК 4.2.18990-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М.; 2004.

8. Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации. Расширенное совещание межрегиональной ассоциации микробиологии и антимикробной химиотерапии (22.05.2015). М.; 2015.

9. Синякова, Л.А. Рецидивирующие инфекции нижних мочевых путей - междисциплинарная проблема. Медицинский совет. 2014;9:100-102. eLIBRARY ID: 22411056

10. Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С., Мутин М.Ю., Стребкова В.В., Тапальский Д.В., Аминева п.Г., Ветохина А.В., Сухорева М.В., Иванова И.А., Валиуллина И.Р., Лавриненко А.В., Частоедова А.Н., Широкова Т.М., Варибрус Е.В., Васильева И.Р., Доманская О.В., Беккер Г.Г., Кульчавеня Е.В., Плугин П. С., попова Л.Д., Елохина Е.В., Коган М.И., Набока Ю.Л., Жестков А.В., Лямин А.В., Хуснутдинова Т.А., Шипицына Е.В., Булкин А.Н., Москвитина Е.Н., Никифоровская Н.Н., Малев И.В., Варганова А.Н., Мартьянова Н.М., Быконя С.А., Волковская И.В., Малявин А.И., Сидорова Р.К., Хайдаршина Н.Э., Шамаева С.Х., Портнягина У.С., Ершова М.Г. Состояние антибиотикорезистентности возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей в России, Беларуси, Казахстане: результаты многоцентрового международного исследования «ДАРМИс-2018». Урология. 2020;1:19-31. https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.19-31

11. Gill SR, pop M, Deboy RT, Eckburg pB, Turnbaugh pJ, Samuel BS, Gordon JI, Relman Da, Fraser-Liggett cM, Nelson KE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science. 2006;312(5778):1355-9. https://doi.org/10.1126/sci-ence.1124234

12. Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, Nielsen T, pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, Cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage P, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le Paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, pelletier E, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Turner K, Zhu H, Yu c, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, Pedersen O, Parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT Consortium, Bork P, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. https://doi.org/10.1038/nature08821

13. Backhed F, Fraser cM, Ringel Y, Sanders ME, Sartor RB, Sherman pm, Versalovic J, Young V, Finlay BB. Defining a healthy human gut microbiome: current concepts, future directions, and clinical applications. Cell Host Microbe. 2012;12(5):611-22. https://doi.org/10.1016/j.chom.2012.10.012

14. Rajilić-Stojanović M, de Vos WM. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev. 2014;38(5):996-1047. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12075

15. Sekirov I, Russell SL, Antunes Lc, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease. Physiol Rev. 2010;90(3):859-904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009

16. Yildirim S, Shoskes D, Kulkarni S, Laguna p. Urinary microbiome in uncomplicated and interstitial cystitis: is there any similarity? World J Urol. 2020. https://doi.org/10.1007/s00345-020-03099-x

17. Набока Ю.Л., Гудима И.А., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л., Иванов С.Н. Микробиота мочи и толстого кишечника у женщин с рецидивирующем неосложненной инфекцией нижних мочевых путей. Вестник урологии. 2019;7(2):59-65. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-2-59-65

18. Mulvey MA, Klumpp D.J., Stapleton A.E. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management. Washington, 2017.

19. philpott H, Gibson p, Thien F. Irritable bowel syndrome -An inflammatory disease involving mast cells. Asia Pac Allergy. 2011;1(1):36-42. https://doi.org/10.5415/apallergy.2011.1.1.36

20. Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G. Irritable bowel syndrome: a microbiome-gut-brain axis disorder? World J Gastroenterol. 2014;20(39):14105-25. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i39.14105

21. Turnbaugh pJ, Hamady M, Yatsunenko T, cantarel BL, Duncan A, Ley RE, Sogin ML, Jones WJ, Roe BA, Affourtit Jp, Egholm M, Henrissat B, Heath Ac, Knight R, Gordon JI. A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4. https://doi.org/10.1038/nature07540

22. Lozupone ca, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-30. https://doi.org/10.1038/nature11550

23. Dore J, Corthier G. Le microbiote intestinal humain [The human intestinal microbiota]. Gastroenterol Clin Biol. 2010;34 Suppl 1:S7-15. French. https://doi.org/10.1016/S0399-8320(10)70015-4

24. Lepage P, Leclerc MC, Joossens M, Mondot S, Blottiere HM, Raes J, Ehrlich D, Dore J. A metagenomic insight into our gut's microbiome. Gut. 2013;62(1):146-58. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805

25. Ситкин С.И., Ткаченко Е.И., Вахитов Т.Я. Филометаболическое ядро микробиоты кишечника. Альманах клинической медицины. 2015;40:12-34. eLIBRARY ID: 24210498


Для цитирования:


Набока Ю.Л., Алькина А.К., Коган М.И., Гудима И.А., Ибишев Х.С., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л. Мониторинг микробиоты мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре. Вестник урологии. 2020;8(3):47-57. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2020-8-3-47-57

For citation:


Naboka Yu.L., Alkina A.K., Kogan M.I., Gudima I.A., Ibishev K.S., Jalagoniya K.T., Chernitskaya M.L. Monitoring of urinary microbiota and uropathogens' antibiotic resistance in one urological hospital. Urology Herald. 2020;8(3):47-57. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2308-6424-2020-8-3-47-57

Просмотров: 42


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2308-6424 (Online)