<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE article PUBLIC "-//NLM//DTD JATS (Z39.96) Journal Publishing DTD v1.3 20210610//EN" "JATS-journalpublishing1-3.dtd">
<article article-type="research-article" dtd-version="1.3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xml:lang="ru"><front><journal-meta><journal-id journal-id-type="publisher-id">urovest</journal-id><journal-title-group><journal-title xml:lang="ru">Вестник урологии</journal-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Urology Herald</trans-title></trans-title-group></journal-title-group><issn pub-type="epub">2308-6424</issn><publisher><publisher-name>Rostov State Medical University</publisher-name></publisher></journal-meta><article-meta><article-id pub-id-type="doi">10.21886/2308-6424-2020-8-3-47-57</article-id><article-id custom-type="elpub" pub-id-type="custom">urovest-360</article-id><article-categories><subj-group subj-group-type="heading"><subject>Research Article</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="ru"><subject>ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ</subject></subj-group><subj-group subj-group-type="section-heading" xml:lang="en"><subject>ORIGINAL ARTICLES</subject></subj-group></article-categories><title-group><article-title>Мониторинг микробиоты мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре</article-title><trans-title-group xml:lang="en"><trans-title>Monitoring of urinary microbiota and uropathogens' antibiotic resistance in one urological hospital</trans-title></trans-title-group></title-group><contrib-group><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-0937-4573</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Набока</surname><given-names>Ю. Л.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Naboka</surname><given-names>Yu. L.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Юлия Лазаревна Набока - доктор медицинских наук, профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1.</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Yulia L. Naboka - M.D., Dr.Sc. (M), Full Prof.; Head, Dept. of Microbiology and Virology №1.</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">nula33@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-2724-4000</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Алькина</surname><given-names>А. К.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Alkina</surname><given-names>A. K.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Анна Константиновна Алькина – студентка.</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Anna K. Alkina – Student.</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">alkinann@yandex.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-1710-0169</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Коган</surname><given-names>М. И.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Kogan</surname><given-names>M. I.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Михаил Иосифович Коган - Заслуженный деятель науки РФ, доктор медицинских наук, профессор; заведующий кафедрой урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Mikhail I. Kogan - Honored Scientist of Russian Federation, M.D., Dr.Sc. (M), Full Prof.; Head, Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology course).</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">dept_kogan@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-0995-7848</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Гудима</surname><given-names>И. А.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Gudima</surname><given-names>I. A.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Ирина Александровна Гудима - кандидат медицинских наук, доцент; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Irina A. Gudima - M.D., Cand.Sc.(M); Assoc. Prof. (Docent); Assoc. Prof., Dept. of Microbiology and Virology №1.</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">nagu22@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-2954-842X</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Ибишев</surname><given-names>Х. С.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Ibishev</surname><given-names>Kh. S.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Халид Сулейманович Ибишев - доктор медицинских наук, доцент; профессор кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Khalid S. Ibishev - M.D., Dr.Sc. (M), Assoc. Prof. (Docent); Prof., Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology course).</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">Ibishev22@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0003-4668-8704</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Джалагония</surname><given-names>К. Т.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Jalagoniya</surname><given-names>K. T.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Kсения Теймуразовна Джалагония - ассистент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Ksenia T. Jalagoniya - M.D.; Assist., Dept. of Microbiology and Virology №1.</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane</p></bio><email xlink:type="simple">7kseka7@mail.ru</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib><contrib contrib-type="author" corresp="yes"><contrib-id contrib-id-type="orcid">https://orcid.org/0000-0002-3368-5240</contrib-id><name-alternatives><name name-style="eastern" xml:lang="ru"><surname>Черницкая</surname><given-names>М. Л.</given-names></name><name name-style="western" xml:lang="en"><surname>Chernitskaya</surname><given-names>M. L.</given-names></name></name-alternatives><bio xml:lang="ru"><p>Марина Леонидовна Черницкая - кандидат медицинских наук; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.</p><p>344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29</p></bio><bio xml:lang="en"><p>Marina L. Chernitskaya - M.D., Cand.Sc.(M); Assist. Prof., Dept. of Microbiology and Virology №1.</p><p>344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiylane</p></bio><email xlink:type="simple">marrizel@gmail.com</email><xref ref-type="aff" rid="aff-1"/></contrib></contrib-group><aff-alternatives id="aff-1"><aff xml:lang="ru"><institution>ФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава России</institution><country>Россия</country></aff><aff xml:lang="en"><institution>Rostov State Medical University</institution><country>Russian Federation</country></aff></aff-alternatives><pub-date pub-type="collection"><year>2020</year></pub-date><pub-date pub-type="epub"><day>02</day><month>10</month><year>2020</year></pub-date><volume>8</volume><issue>3</issue><fpage>47</fpage><lpage>57</lpage><permissions><copyright-statement>Copyright &amp;#x00A9; Набока Ю.Л., Алькина А.К., Коган М.И., Гудима И.А., Ибишев Х.С., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л., 2020</copyright-statement><copyright-year>2020</copyright-year><copyright-holder xml:lang="ru">Набока Ю.Л., Алькина А.К., Коган М.И., Гудима И.А., Ибишев Х.С., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л.</copyright-holder><copyright-holder xml:lang="en">Naboka Y.L., Alkina A.K., Kogan M.I., Gudima I.A., Ibishev K.S., Jalagoniya K.T., Chernitskaya M.L.</copyright-holder><license license-type="creative-commons-attribution" xlink:href="https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/" xlink:type="simple"><license-p>This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.</license-p></license></permissions><self-uri xlink:href="https://www.urovest.ru/jour/article/view/360">https://www.urovest.ru/jour/article/view/360</self-uri><abstract><sec><title>Введение</title><p>Введение. По ведению пациентов с рецидивирующей неосложненной инфекцией нижних мочевых путей (РНИНМП) консенсус отсутствует, что крайне затрудняет проведение эффективной терапии.</p></sec><sec><title>Цель исследования</title><p>Цель исследования. Изучение микробных паттернов мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре с 2010 по 2017 год.</p></sec><sec><title>Материалы и методы</title><p>Материалы и методы. Ретроспективно (2010 - 2017 гг.) проанализированы результаты бактериологического исследования и данные индивидуальных антибиотикограмм пациенток с РНИНМП (n=502). Критерии включения в исследование: согласие пациенток на участие в исследовании, наличие в анамнезе клинических проявлений РНИНМП, двух обострений в течение полугода или трех обострений в течение года, лейкоцитурия в общем анализе мочи, отсутствие в анамнезе и на момент исследования заболеваний, передающихся половым путем, а также вагинальных выделений. Проведены бактериологические исследования средней порции утренней мочи до назначения антибактериальной терапии с определением антибиотикочувствительности/резистентности и продукции р-лактамаз расширенного спектра выделенных микроорганизмов. Помимо стандартного набора питательных сред использовали хромогенные среды, аэробные и анаэробные условия культивирования. Статистический анализ проводили в среде статистической обработки и визуализации данных «Rver 3.2» («RFoundationforStatisticalComputing», Вена, Австрия).</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>Результаты. В течение 8 летнего мониторинга микробиота мочи пациенток с РНИНМП характеризовалась определенным постоянством микробных паттернов, но с преобладанием (94,1% - 99,1%) анаэробно-аэробных ассоциаций. Антибиотикорезистентность большинства каузативных и дискутабельных уропатогенов нарастала, также нарастала частота обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра. Значимых отличий средних уровней бактериурии в исследуемый период для большинства таксонов микроорганизмов не выявлено.</p></sec><sec><title>Выводы</title><p>Выводы. У пациенток с РНИНМП частоты обнаружения E.coli колеблются около 50,0%, для других каузативных патогенов отмечен более низкий показатель частоты обнаружения, тогда как неклостридиальные анаэробные бактерии выделяются в 96,6% случаев. Нарастает антибиотикорезистентность каузативных и дискутабельных патогенов и увеличиваются частоты обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра, что диктует необходимость пересмотра этиологической структуры и подходов к эмпирической терапии РНИНМП.</p></sec></abstract><trans-abstract xml:lang="en"><sec><title>Introduction</title><p>Introduction. There is no consensus on the management of patients with recurrent uncomplicated lower urinary tract infection (uLUTI), which makes it difficult to carry out effective therapy.</p></sec><sec><title>Purpose of the study</title><p>Purpose of the study. To study the microbial patterns of urine and uropathogens' antibiotic resistance in a urological hospital from 2010 to 2017.</p></sec><sec><title>Materials and methods</title><p>Materials and methods. The results of bacteriological studies and the data of individual antibiotic susceptibility testing of patients with recurrent uLUTI (n = 502) were retrospectively analyzed. Inclusion criteria of the study: consent of patients to participate in the study, the presence of clinical manifestations of recurrent uLUTI in anamnesis, two episodes within six months or three during the year, leukocyturia in the urinalysis, the absence of sexually transmitted diseases at the time of the study and in anamnesis and also vaginal discharge. Bacteriological studies of the midstream morning urine sample before the prescription of antibiotic therapy were carried out with the determination of antibiotic sensitivity/resistance and production of extended-spectrum p-lactamases. In addition to the standard set of culture media, chromogenic media, aerobic and anaerobic culturing conditions were used. Statistical analysis was performed in the statistical processing and data visualization environment «R ver 3.2» («R Foundation for Statistical Computing», Vienna, Austria).</p></sec><sec><title>Results</title><p>Results. During the 8-year monitoring of the microbiota, the urine of patients with recurrent uLUTI was characterized by a microbial pattern certain constancy, but with the predominance (94.1% - 99.1%) of anaerobic-aerobic associations. The antibiotic resistance of most causative and debatable uropathogens increased, and the detection frequency of enterobacteria producing extended-spectrum p-lactamases also increased. Significant differences in the average levels of bacteriuria in the study period for most taxa of microorganisms were not detected.</p></sec><sec><title>Conclusion</title><p>Conclusion. The detection frequencies of E. coli vary around 50.0%, for other causative pathogens a lower detection rate is noted, while non-clostridial anaerobic bacteria are excreted in 96.6% of cases in patients with recurrent uLUTI. The antibiotic resistance of causative and debatable pathogens and the detection frequencies of enterobacteria producing extended-spectrum p-lactamases are increasing, which necessitates a revision of the etiological structure and approaches to empirical therapy of recurrent uLUTI.</p></sec></trans-abstract><kwd-group xml:lang="ru"><kwd>микробиота мочи</kwd><kwd>антибиотикорезистентность</kwd><kwd>инфекции нижних мочевых путей</kwd></kwd-group><kwd-group xml:lang="en"><kwd>urine microbiota</kwd><kwd>antibiotic resistance</kwd><kwd>lower urinary tract infections</kwd></kwd-group></article-meta></front><body><sec><title>Введение</title><p>Проблема терапии и ведения пациентов с рецидивирующей неосложненной инфекцией нижних мочевых путей (РНИНМП), а в подавляющем большинстве это женщины [<xref ref-type="bibr" rid="cit1">1</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit2">2</xref>], далека от разрешения. В соответствии с рекомендациями EAU (2020) [<xref ref-type="bibr" rid="cit3">3</xref>] «диагноз неосложненного цистита можно с высокой вероятностью поставить на основании сфокусированного анализа симптомов нижних мочевых путей и отсутствии выделений из влагалища» (УД 2b). с одной стороны, абсолютно понятная и простая рекомендация, с другой стороны, предположить диагноз в большинстве случаев, не вызывает затруднений, но возникает вопрос: «Чем и как лечить когорту пациенток с РНИНМП, которые в анамнезе неоднократно получали курсы антибактериальной терапии (АБТ), а также занимались самолечением?» Формальный ответ очевиден - это использование препаратов, рекомендованных EAU (2020) [<xref ref-type="bibr" rid="cit3">3</xref>]. Однако отсутствие консенсуса по ведению данной группы пациентов превращает данную проблему из очевидно простой в трудно разрешимую.</p><p>Цель исследования: изучение микробных паттернов мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре с 2010 по 2017 год.</p></sec><sec><title>Материалы и методы</title><p>Ретроспективно проанализированы результаты бактериологического исследования и данные индивидуальных антибиотикограмм пациенток с РНИНМП (n = 502). В 2010 - 2011 гг. обследованы 115 пациенток, в 2012 - 2013 гг. - 107, в 2014 - 2015 гг. — 111, в 2016 - 2017 гг. — 169.</p><p>Среди пациенток 351 (70,0%) были репродуктивного возраста. У 426 пациенток (84,9%) кратность рецидивов заболевания в год была четыре и более раз. У всех пациенток клинические симптомы заболевания были типичными и в общем анализе мочи выявлена лейкоцитурия (рис. 1).</p><fig id="fig-1"/><p>Все 502 пациентки неоднократно (минимум 2 - 3 раза в год) получали курсы АБТ, 468 (93,2%) — занимались самолечением, причём из них 402 (80,1%) принимали фосфомицин при субъективном ощущении клиники заболевания.</p><p>Критерии включения в исследование: согласие пациенток на участие в исследовании, наличие в анамнезе клинических проявлений РНИНМп, двух обострений в течение полугода или трех обострений в течение года, лейкоциту- рия в общем анализе мочи, отсутствие в анамнезе и на момент исследования заболеваний, передающихся половым путем, а также вагинальных выделений.</p><p>Для бактериологического исследования у пациенток забирали среднюю порцию утренней мочи после соответствующей гигиенической процедуры в одноразовый (стерильный) контейнер Sterile Uricol («HiMedia», Индия) до назначения АБТ. порцию мочи разделяли на 2 аликвоты: для бактериологического исследования и общего анализа мочи.</p><p>Бактериологическое исследование (в зависимости от временного интервала) проводили по методике В.В. Меньшикова (2009) [<xref ref-type="bibr" rid="cit4">4</xref>] и в соответствии с Клиническими рекомендациями (2014) [<xref ref-type="bibr" rid="cit5">5</xref>]. помимо стандартного набора питательных сред были использованы хромогенные среды («HiMedia», Индия) для аэробных и анаэробных таксонов микроорганизмов: HiCrome Klebsiella Selective Agar Base, HiCrome Candida Differential Agar, HiCrome Enterococci Agar, HiCrome Aureus Agar Base, Blood Agar Base, Streptococcus Selection Agar, Rogosa SL Agar, Bifidobacterium Agar, Anaerobic Agar, Shaedler Agar, Bacteroides Bile Esculinum Agar, Shaedler Broth. Посевы инкубировали в аэробных (t+370С, 24 часа) и анаэробных (AnaeroHiGas Pak) условиях культивирования (t+370С, 48 – 72 часа) [<xref ref-type="bibr" rid="cit6">6</xref>]. Микроорганизмы, выделенные из мочи, идентифицировали по общепринятым методикам.</p><p>Антибиотикочувствительность/резистент- ность выделенных из мочи микроорганизмов проводили в соответствии с методическими указаниями [<xref ref-type="bibr" rid="cit7">7</xref>] и клиническими рекомендациями [<xref ref-type="bibr" rid="cit8">8</xref>] на среде Mueller Hinton agar («HiMedia», Индия) диско-диффузионным методом с дисками той же фирмы. При верификации в моче представителей семейства Enterobacteriacae определяли продукцию β-лактамаз расширенного спектра (БЛРС) [<xref ref-type="bibr" rid="cit7">7</xref>].</p><p>Cтатистический анализ проводили в среде статистической обработки и визуализации данных «R ver 3.2» («R Foundation for Statistical Computing», Вена, Австрия). Средние значения выделенных микроорганизмов представлены в виде Медиана с интерквартильным размахом [Нижний квартиль; Верхний квартиль]. Было проведено сравнение медиан концентраций с использованием теста Краскала-Уоллиса (или Манна-Уитни). Для попарных апостериорных сравнений применялся метод Неменьи. Значимость различий считалась на уровне р &lt;0,05.</p></sec><sec><title>Результаты</title><p>На примере одного урологического стационара проанализированы частоты обнаружения общедоказанных уропатогенов (представителей семейства Enterobacteriaceae, Enterococcus spp., S. aureus, Candida spp.), выделенных из мочи пациенток с РНИНМП в течение 2010 - 2017 гг. (рис. 2).</p><fig id="fig-2"/><p>Частоты обнаружения в моче E. coli колебались незначительно (р &gt;0,05) от 43,0% (2012 - 2013 гг.) до 55,9% (2014 - 2015 гг.). Для остальных представителей семейства Enterobacteriaceae более низкий показатель наблюдали в 2010 - 2011 гг. (13,9%) с достоверным нарастанием (р &lt;0,05) в 2012 - 2013 гг. (32,6%). С 2014 по 2017 год частоты обнаружения энтеробактерий в моче варьировались незначительно (21,6% и 26,6% соответственно).</p><p>Для Enterococcus spp. изучаемый показатель снижался в 2012 - 2013 гг. (29,0% против 40,0% в 2010 - 2011 гг., р &lt;0,05) с повышением в 2014 - 2015 гг. практически до уровня 2010 - 2011 гг. (38,7%, р &gt;0,05), но с достоверным нарастанием (52,7%, p &lt;0,05) к 2016 - 2017 гг. по сравнению с другими временными интервалами. Частоты обнаружения в моче S. aureus колебались незначительно с 2010 по 2013 год, однако в 2014 - 2015 гг. изучаемый показатель (p &gt;0,05) несколько нарастал, а в 2016 - 2017 гг. снижался (p &lt;0,05) по сравнению с предыдущим временным интервалом. Присутствие в моче дрожжеподобных грибов рода Candida достоверно (p &gt;0,05) не отличалось в исследуемые периоды, и их паттерн был представлен: C.tropicalis, C. albicans (по 3,2%), C. glabrata (1,0%), C. krusei (0,8%) (рис. 2).</p><p>Анализируя видовой спектр Enterococcus spp., необходимо отметить, что он варьировался незначительно (p &gt;0,05) в исследуемый период (рис. 3). Однако недифференцированные виды энтерококков достоверно (p &lt;0,05) реже регистрировали в 2012 - 2013 гг. по сравнению с 2014 - 2015 гг. В 2016 - 2017 гг. изучаемый показатель был равнозначен 2010 - 2011 гг. (30,3% и 30,4% соответственно).</p><fig id="fig-3"/><p>Неклостридиальные анаэробные бактерии (НАБ) не верифицируются в моче при стандартном бактериологическом исследовании. При использовании питательных сред для этих бактерий и анаэробных условий культивирования микроорганизмы данного кластера обнаруживались в моче у большинства пациенток с РНИНМП (рис. 4), а частота их обнаружения колебалась от 94,1% (2016 - 2017 гг.) до 99,1% (2010 - 2011 гг.).</p><fig id="fig-4"/><p>За исследуемый период таксономическая структура НАБ была представлена 10 - 13 родами (Lactobacillus spp., Eubacterium spp., peptococcus spp., Propionibacterium spp., Peptostreptococcus spp., Bifidobarterium spp., Barteroides spp., Veillonella spp., Fusobarterium spp., Megasphaera spp., Prevotella spp., Mobiluncus spp., Actinomyces spp.). Доминирующими родами в исследуемый период являлись Lactobacillus spp., Eubacterium spp. Обнаружение peptostreptococcus spp., Bifidobacterium spp., Fusobacterium spp., prevotella spp., Mobiluncus spp. в исследуемый период варьировалось незначительно (p &gt;0,05). Однако для 7 таксонов были обнаружены достоверные различия (p &lt;0,05) по исследуемому признаку (табл. 1).</p><fig id="fig-5"><caption><p>Таблица 1. Сравнение частот обнаружения отдельных родов НАБ в мочеTable 1. Comparison of detection frequencies of NAB genera in urine</p></caption></fig><p>В моче пациенток с РНИНПМ в динамике исследования снижались частоты обнаружения (p &lt;0,05) Lactobacillus spp., Eubacterium spp., Peptococcus spp., Propionibacterium spp. Изучаемый показатель был достоверно (p &lt;0,05) выше в 2010 - 2011 гг. Для Bacteroides spp, Veillonelia spp., Megasphaera spp. наблюдалась противоположная тенденция со значимым (p &lt;0,05) нарастанием в 2016 - 2017 гг., хотя с 2010 по 2015 год частота обнаружения этих таксонов колебалась незначительно (p &gt;0,05).</p><p>В исследуемый период времени частоты обнаружения в моче КОС достоверно не отличались (p &gt;0,05), но в 2016 - 2017 гг. их регистрировали реже (р &lt;0,05) по сравнению с 2014 - 2015 гг. За восьмилетний период исследования патсрн КОС был представлен S. epidermidis (38,9%), S. haemo- lyticus (18,3%), S. warneri (10,8%), S. lentus (10,4%), S. saprophyticus (4,2%), S. coagulans (2,0%), S. xy- losus (1,0%). Corynebacterium spp. значимо чаще (р &lt;0,05) выделяли из мочи в 2010 - 2011 гг. (рис. 5), в период 2012 - 2017 гг. достоверных отличий в частотах обнаружения данных микроорганизмов не обнаружено (р &gt;0,05).</p><fig id="fig-6"/><p>При анализе средних уровней бактериурии в исследуемый период значимых отличий для большинства таксонов микроорганизмов, выделенных из мочи пациенток с РНИНМП, не выявлено (p &gt;0,05). Исключение составили Candida spp., средний уровень бактериурии которых в 2012 - 2015 гг. был достоверно выше по сравнению с другими временными интервалами. В 2012 - 2013 гг. изучаемый показатель для КОС был выше (р &lt;0,05) по сравнению с 2010 - 2011 гг. и 2014 - 2017 гг. Обращают на себя внимание верхние квартили бактериурии, которые для большинства таксонов были &gt; 103,0 КОЕ/мл (табл. 2).</p><fig id="fig-7"><caption><p>Таблица 2. Уровни бактериурииTable 2. Bacteriuria Levels</p></caption></fig><p>Таким образом, за период 2010 - 2017 гг. микробиота мочи пациенток с РНИНМП характеризовалась определенным постоянством микробных паттернов с различными вариантами микробных композиций, но с преобладанием (94,1% - 99,1%) анаэробно-аэробных.</p><p>За анализируемый период (2010 - 2017 гг.) проведено изучение антибиотикорезистентности (АБР) различных таксонов микробиоты, выделенной из мочи пациенток с РНИНМП. АБР E. coli к основному препарату для лечения РНИНМП фосфомицину к 2017 году значимо (р &lt;0,05) нарастала с 25,7% до 48,9%, а других представителей этого семейства, наоборот, снижалась (р &lt;0,05) (рис. 6).</p><fig id="fig-8"/><p>К 2017 году значимо (р &lt;0,05) увеличивалась частота обнаружения штаммов E. coli, продуцирующих БЛРС (рис. 7). Для других представителей семейства Enterobacteriaceae изучаемый показатель был также стабильно высок со значительным увеличением в 2015 - 2015 гг. по сравнению с аналогичными показателями в 2010 - 2011 гг.</p><fig id="fig-9"/><p>Антибиотикрезистентность Enterococcus spp. к фосфомицину колебалась от 27,8% в 2010 - 2011 гг. до 30,1% в 2016 - 2017 гг. со значимым (р &lt;0,05) нарастанием показателя в 2012 - 2013 гг. по сравнению с аналогичными в 2010 - 2011 гг. (рис. 8).</p><fig id="fig-10"/><p>При анализе АБР обширного кластера КОС (рис. 9) выявлены следующие тенденции: изучаемый признак значимо (p &lt;0,05) нарастал к 2017 году для фосфомицина, амикацина и фузидина и снижался (p &lt;0,05) для амоксициллин/клавула- новой кислоты и некоторых карбапенемов.</p><fig id="fig-11"/><p>Для представителей НАБ (рис. 10) выявлено снижение АБР к фосфомицину (p &lt;0,05), амокси- циллин/клавулановой кислоте (p&gt;0,05), имипе- нему (p &lt;0,05) и значимое (p &lt;0,05) нарастание к меропенему и эртапенему.</p><fig id="fig-12"/></sec><sec><title>Обсуждение</title><p>По поводу этиологической структуры РНИНМП опубликовано достаточно большое количество работ с основным фокусом исследователей на представителях семейства Enterobacteriaceae [<xref ref-type="bibr" rid="cit9">9</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit10">10</xref>]. Мы никоим образом не игнорируем их роль в манифестации заболевания. Но возникает вопрос, а если только энтеробактерии причастны к развитию заболевания, то почему в течение десятилетий не намечается даже намека на прогресс в лечении этой сложной когорты пациентов? Почему микромир снова и снова побеждает человека даже в таком «не сложном» вопросе как этиологическая структура РНИНМП? Может быть, дело не только в бактериях и в их фантастической пластичности и приспособлению к макроорганизму, к антибактериальным препаратам, к тонким взаимоотношениям с иммунной системой и т.д. Видимо, основная проблема заключается в тех позициях, на которых стоит исследователь, занимающийся изучением данной проблемы. Невозможно рассматривать этиологическую структуру РНИНМП, изолированно, в отрыве от микробиоты нашего организма в целом. Ведь сфокусировавшись только на строго определенной группе микроорганизмов (каузативные уропатогенны) за «кадром» остаются просто миры микроорганизмов, видовое разнообразие которых включает более 1000 видов с общим количеством генов более 3 миллионов [<xref ref-type="bibr" rid="cit11">11</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit12">12</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit13">13</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit14">14</xref>].</p><p>Самую многочисленную (70,0%) нишу в макроорганизме по качественному признаку занимает кишечник [<xref ref-type="bibr" rid="cit15">15</xref>]. Его эпителиальные барьеры допускают возможность транслокации условнопатогенных микроорганизмов (заметьте всех, а не только энтеробактерий) в другие биотопы с дальнейшим дебютом воспаления, причем работы некоторых исследователей [<xref ref-type="bibr" rid="cit16">16</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit17">17</xref>] свидетельствуют о том, что острый цистит хорошо вписывается в эту схему и мочевой микробиом в условиях острого цистита находится в дисбиоти- ческом состоянии, тем самым вызывая воспаление мочевого пузыря и пиурию. Поэтому изучение этиологической структуры РНИНМП связано с тем, на каких позициях инфицирования органов мочевой системы мы стоим. На восходящем пути или эндогенном (с гематогенной и лимфогенной транслокацией условно-патогенных микроорганизмов), или мы понимаем, что мочевой пузырь имеет свою микробиоту и возникшие дисбио- тические изменения могут приводить к манифестации острого процесса? Полученные нами данные о микст-инфекции у пациенток с РНИНМП ложатся в канву двух последних предположений. В данном контексте уместно процитировать авторов монографии «Urinary tract infection» (2017) K.A. Kline и A.L. Lewis «...Мы предполагаем, что будущие исследования осветят ранее недооцененную роль полимикробной микробиоты в мочевых путях» [<xref ref-type="bibr" rid="cit18">18</xref>].</p><p>В свете полученных данных для расшифровки патогенеза ряда хронических заболеваний макроорганизма активно изучается понятие «микробиота - кишечник - мозг» [<xref ref-type="bibr" rid="cit19">19</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit20">20</xref>]. Данная ось многофункциональная и включает в себя иммунные, эндокринные и нейрогуморальные пути. Однако абсолютно не изучена ось «микробиота - кишечник - органы мочевой системы». И если для кишечника уже сделаны попытки описания функционального ядра микробиоты с концепцией филометаболического ядра [<xref ref-type="bibr" rid="cit12">12</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit21">21</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit22">22</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit23">23</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit24">24</xref>][<xref ref-type="bibr" rid="cit25">25</xref>], то для органов мочевой системы нет даже попыток в этом направлении.</p><p>Обсуждая вопросы АБР уропатогенов необходимо отметить, что данные во многих исследованиях разнонаправлены, что, по-видимому, связано с контингентом обследуемых и с множеством входящих факторов, в частности, длительности заболевания, количества рецидивов в год, количества курсов АБТ и т.д. Полученные нами результаты об АБР различных таксонов микробиоты, выделенных из мочи пациенток с РНИНМП мы ни в коем случае не экстраполируем на другие центры, так как исследуемая когорта пациенток была сложной, в первую очередь, с анамнестических позиций. Проведенная работа еще раз подчеркивает сложность ведения данной когорты женщин, некую тупиковую ситуацию в плане проведения эффективной АБТ и ставит ряд вопросов, касающихся наших стереотипов об этиологической структуре заболевания, его патогенезе и «эффективности» эмпирического антибактериального лечения данной патологии.</p></sec><sec><title>Выводы</title></sec></body><back><ref-list><title>References</title><ref id="cit1"><label>1</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Шевяков М.А. Иммунотерапия инфекционно-воспалительных заболеваний мочевыводящих путей и ее эффективность. Урология. 2013;2:98-102. eLIBRARY ID: 19049071</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Shevyakov M.A. Immunotherapy of infectious and inflammatory diseases of the urinary tract and its effectiveness. Urologia. 2013;2:98-102 (In Russ.). eLIBRARY ID: 19049071</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit2"><label>2</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Schaeffer AJ, Matulewicz RS, Klumpp DJ. Infections of the Urinary Tract. In Wein AJ, et al, editors, Campbell-Walsh Urology, Eleventh Edition. Philadelphia: Elsevier-Saunders. 2016</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Schaeffer AJ, Matulewicz RS, Klumpp DJ. Infections of the Urinary Tract. In Wein AJ, et al, editors, Campbell-Walsh Urology, Eleventh Edition. Philadelphia: Elsevier-Saunders. 2016</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit3"><label>3</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Guidelines on urological infections. EAU. 2019; 1374.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Guidelines on urological infections. EAU. 2019; 1374.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit4"><label>4</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Меньшиков В.В. Методики клинических лабораторных исследований. М.: Лабора; 2009.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Menshikov V.V. Methods of clinical laboratory research. M.: Lab; 2009: 880. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit5"><label>5</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Клинические рекомендации «Бактериологический анализ мочи». М.;2014.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Clinical recommendations «Bacteriological analysis of urine». M.;2014. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit6"><label>6</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Патент РФ № 2452774 «Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята» (Бюл. №16, 2012 г.). Авторы: Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. [и др.].</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">RF patent No. 2452774 «Method for determining bacteriological contamination of urine, prostate secretion, ejaculate» (Bull. No. 16, 2012). Authors: Naboka Y.L., Kogan M.I., Gudima I.A. [and etc.]. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit7"><label>7</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Методические указания МУК 4.2.18990-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М.; 2004.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Methodological guidelines 4.2.18990-04 Determination of the sensitivity of microorganisms to antibacterial drugs. M.;2004. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit8"><label>8</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации. Расширенное совещание межрегиональной ассоциации микробиологии и антимикробной химиотерапии (22.05.2015). М.; 2015.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Determination of the sensitivity of microorganisms to antimicrobial agents. Clinical recommendations. Enlarged meeting of the interregional association of microbiology and an-timicrobialchemotherapy (05.22.2015). M.;2015. (In Russ.).</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit9"><label>9</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Синякова, Л.А. Рецидивирующие инфекции нижних мочевых путей - междисциплинарная проблема. Медицинский совет. 2014;9:100-102. eLIBRARY ID: 22411056</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sinyakova, L.A. Recurrent urinary tract infection is a crossdisciplinary problem. Medical advice. 2014;9:100-102. (In Russ.). eLIBRARY ID: 22411056</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit10"><label>10</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С., Мутин М.Ю., Стребкова В.В., Тапальский Д.В., Аминева п.Г., Ветохина А.В., Сухорева М.В., Иванова И.А., Валиуллина И.Р., Лавриненко А.В., Частоедова А.Н., Широкова Т.М., Варибрус Е.В., Васильева И.Р., Доманская О.В., Беккер Г.Г., Кульчавеня Е.В., Плугин П. С., попова Л.Д., Елохина Е.В., Коган М.И., Набока Ю.Л., Жестков А.В., Лямин А.В., Хуснутдинова Т.А., Шипицына Е.В., Булкин А.Н., Москвитина Е.Н., Никифоровская Н.Н., Малев И.В., Варганова А.Н., Мартьянова Н.М., Быконя С.А., Волковская И.В., Малявин А.И., Сидорова Р.К., Хайдаршина Н.Э., Шамаева С.Х., Портнягина У.С., Ершова М.Г. Состояние антибиотикорезистентности возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей в России, Беларуси, Казахстане: результаты многоцентрового международного исследования «ДАРМИс-2018». Урология. 2020;1:19-31. https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.19-31</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">palagin I.S., Sukhorukova M.V., Dehnich A.V., Edelstein M.V., perepanova T.S., Kozlov R.S. The state of antibiotic resistance of causative agents of community-acquired urinary tract infections in Russia, Belarus, and Kazakhstan: the results of the multicenter international study «DARMIS-2018». Urology. 2020;1:19-31. (In Russ.). https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.19-31</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit11"><label>11</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Gill SR, pop M, Deboy RT, Eckburg pB, Turnbaugh pJ, Samuel BS, Gordon JI, Relman Da, Fraser-Liggett cM, Nelson KE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science. 2006;312(5778):1355-9. https://doi.org/10.1126/sci-ence.1124234</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Gill SR, pop M, Deboy RT, Eckburg pB, Turnbaugh RJ, Samuel BS, Gordon JI, Relman DA, Fraser-Liggett cM, Nelson KE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science. 2006;312(5778):1355-9. https://doi.org/10.1126/science.1124234</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit12"><label>12</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, Nielsen T, pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, Cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage P, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le Paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, pelletier E, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Turner K, Zhu H, Yu c, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, Pedersen O, Parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT Consortium, Bork P, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. https://doi.org/10.1038/nature08821</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh c, Nielsen T, pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage p, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, pelletier E, Renault p, Sicheritz-ponten T, Turner K, Zhu H, Yu c, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, pedersen O, parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT consortium, Bork p, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. https://doi.org/10.1038/nature08821</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit13"><label>13</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Backhed F, Fraser cM, Ringel Y, Sanders ME, Sartor RB, Sherman pm, Versalovic J, Young V, Finlay BB. Defining a healthy human gut microbiome: current concepts, future directions, and clinical applications. Cell Host Microbe. 2012;12(5):611-22. https://doi.org/10.1016/j.chom.2012.10.012</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Backhed F, Fraser cM, Ringel Y, Sanders ME, Sartor RB, Sherman pm, Versalovic J, Young V, Finlay BB. Defining a healthy human gut microbiome: current concepts, future directions, and clinical applications. Cell Host Microbe. 2012;12(5):611-22. https://doi.org/10.1016/jxhom.2012.10.012</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit14"><label>14</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Rajilić-Stojanović M, de Vos WM. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev. 2014;38(5):996-1047. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12075</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Rajilić-Stojanović M, de Vos WM. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev. 2014;38(5):996-1047. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12075</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit15"><label>15</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Sekirov I, Russell SL, Antunes Lc, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease. Physiol Rev. 2010;90(3):859-904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sekirov I, Russell SL, Antunes Lc, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease. Physiol Rev. 2010;90(3):859-904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit16"><label>16</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Yildirim S, Shoskes D, Kulkarni S, Laguna p. Urinary microbiome in uncomplicated and interstitial cystitis: is there any similarity? World J Urol. 2020. https://doi.org/10.1007/s00345-020-03099-x</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Yildirim S, Shoskes D, Kulkarni S, Laguna R Urinary microbiome in uncomplicated and interstitial cystitis: is there any similarity? World J Urol. 2020. https://doi.org/10.1007/s00345-020-03099-x</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit17"><label>17</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Набока Ю.Л., Гудима И.А., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л., Иванов С.Н. Микробиота мочи и толстого кишечника у женщин с рецидивирующем неосложненной инфекцией нижних мочевых путей. Вестник урологии. 2019;7(2):59-65. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-2-59-65</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Naboka Y.L., Gudima I.A., Dzhalagoniya K.T., chernitskaya M.L., Ivanov S.N. Urine and colon microbiota in patients with recurrent uncomplicated lower urinary tract infection. Urology Herald. 2019;7(2):59-65. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-2-59-65</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit18"><label>18</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Mulvey MA, Klumpp D.J., Stapleton A.E. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management. Washington, 2017.</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Mulvey MA, Klumpp D.J., Stapleton A.E. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management. Washington, 2017.</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit19"><label>19</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">philpott H, Gibson p, Thien F. Irritable bowel syndrome -An inflammatory disease involving mast cells. Asia Pac Allergy. 2011;1(1):36-42. https://doi.org/10.5415/apallergy.2011.1.1.36</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">philpott H, Gibson p, Thien F. Irritable bowel syndrome -An inflammatory disease involving mast cells. Asia Pac Allergy. 2011;1(1):36-42. https://doi.org/10.5415/apaller-gy.2011.1.1.36</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit20"><label>20</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G. Irritable bowel syndrome: a microbiome-gut-brain axis disorder? World J Gastroenterol. 2014;20(39):14105-25. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i39.14105</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Kennedy pJ, cryan JF, Dinan TG, clarke G. Irritable bowel syndrome: a microbiome-gut-brain axis disorder? World J Gastroenterol. 2014;20(39):14105-25. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i39.14105</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit21"><label>21</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Turnbaugh pJ, Hamady M, Yatsunenko T, cantarel BL, Duncan A, Ley RE, Sogin ML, Jones WJ, Roe BA, Affourtit Jp, Egholm M, Henrissat B, Heath Ac, Knight R, Gordon JI. A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4. https://doi.org/10.1038/nature07540</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Turnbaugh pJ, Hamady M, Yatsunenko T, cantarel BL, Duncan A, Ley RE, Sogin ML, Jones WJ, Roe BA, Affourtit JP, Egholm M, Henrissat B, Heath AC, Knight R, Gordon JI. A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4. https://doi.org/10.1038/na-ture07540</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit22"><label>22</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lozupone ca, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-30. https://doi.org/10.1038/nature11550</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-30. https://doi.org/10.1038/nature11550</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit23"><label>23</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Dore J, Corthier G. Le microbiote intestinal humain [The human intestinal microbiota]. Gastroenterol Clin Biol. 2010;34 Suppl 1:S7-15. French. https://doi.org/10.1016/S0399-8320(10)70015-4</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Dore J, Corthier G. Le microbiote intestinal humain [The human intestinal microbiota]. Gastroenterol Clin Biol. 2010;34 Suppl 1:S7-15. French. https://doi.org/10.1016/S0399-8320(10)70015-4</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit24"><label>24</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Lepage P, Leclerc MC, Joossens M, Mondot S, Blottiere HM, Raes J, Ehrlich D, Dore J. A metagenomic insight into our gut's microbiome. Gut. 2013;62(1):146-58. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Lepage P, Leclerc MC, Joossens M, Mondot S, Blottiere HM, Raes J, Ehrlich D, Dore J. A metagenomic insight into our gut's microbiome. Gut. 2013;62(1):146-58. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805</mixed-citation></citation-alternatives></ref><ref id="cit25"><label>25</label><citation-alternatives><mixed-citation xml:lang="ru">Ситкин С.И., Ткаченко Е.И., Вахитов Т.Я. Филометаболическое ядро микробиоты кишечника. Альманах клинической медицины. 2015;40:12-34. eLIBRARY ID: 24210498</mixed-citation><mixed-citation xml:lang="en">Sitkin S.I., Tkachenko E.I., Vakhitov T.Ya. The phylometabolic core of the microbiota of the intestine. Almanac of clinical medicine. 2015;40:12-34. (In Russ.). eLIBRARY ID: 24210498</mixed-citation></citation-alternatives></ref></ref-list><fn-group><fn fn-type="conflict"><p>The authors declare that there are no conflicts of interest present.</p></fn></fn-group></back></article>
