urovestВестник урологииUrology Herald2308-6424Rostov State Medical University10.21886/2308-6424-2020-8-3-47-57urovest-360Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESМониторинг микробиоты мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационареMonitoring of urinary microbiota and uropathogens' antibiotic resistance in one urological hospitalhttps://orcid.org/0000-0002-0937-4573НабокаЮ. Л.NabokaYu. L.

Юлия Лазаревна Набока - доктор медицинских наук, профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Yulia L. Naboka - M.D., Dr.Sc. (M), Full Prof.; Head, Dept. of Microbiology and Virology №1.

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

nula33@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2724-4000АлькинаА. К.AlkinaA. K.

Анна Константиновна Алькина – студентка.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Anna K. Alkina – Student.

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

alkinann@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0002-1710-0169КоганМ. И.KoganM. I.

Михаил Иосифович Коган - Заслуженный деятель науки РФ, доктор медицинских наук, профессор; заведующий кафедрой урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Mikhail I. Kogan - Honored Scientist of Russian Federation, M.D., Dr.Sc. (M), Full Prof.; Head, Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology course).

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

dept_kogan@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-0995-7848ГудимаИ. А.GudimaI. A.

Ирина Александровна Гудима - кандидат медицинских наук, доцент; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Irina A. Gudima - M.D., Cand.Sc.(M); Assoc. Prof. (Docent); Assoc. Prof., Dept. of Microbiology and Virology №1.

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

nagu22@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-2954-842XИбишевХ. С.IbishevKh. S.

Халид Сулейманович Ибишев - доктор медицинских наук, доцент; профессор кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека (с курсом детской урологии-андрологии).

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Khalid S. Ibishev - M.D., Dr.Sc. (M), Assoc. Prof. (Docent); Prof., Dept. of Urology and Human Reproductive Health (with the Pediatric Urology and Andrology course).

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

Ibishev22@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0003-4668-8704ДжалагонияК. Т.JalagoniyaK. T.

Kсения Теймуразовна Джалагония - ассистент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Ksenia T. Jalagoniya - M.D.; Assist., Dept. of Microbiology and Virology №1.

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiy lane

7kseka7@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0002-3368-5240ЧерницкаяМ. Л.ChernitskayaM. L.

Марина Леонидовна Черницкая - кандидат медицинских наук; доцент кафедры микробиологии и вирусологии № 1.

344022, Ростов-на-Дону, пер. Нахичеванский, д. 29

Marina L. Chernitskaya - M.D., Cand.Sc.(M); Assist. Prof., Dept. of Microbiology and Virology №1.

344022, Rostov-on-Don, 29 Nakhichevanskiylane

marrizel@gmail.comФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» Минздрава РоссииРоссияRostov State Medical UniversityRussian Federation202002102020834757Copyright © Набока Ю.Л., Алькина А.К., Коган М.И., Гудима И.А., Ибишев Х.С., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л., 20202020Набока Ю.Л., Алькина А.К., Коган М.И., Гудима И.А., Ибишев Х.С., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л.Naboka Y.L., Alkina A.K., Kogan M.I., Gudima I.A., Ibishev K.S., Jalagoniya K.T., Chernitskaya M.L.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.urovest.ru/jour/article/view/360Введение

Введение. По ведению пациентов с рецидивирующей неосложненной инфекцией нижних мочевых путей (РНИНМП) консенсус отсутствует, что крайне затрудняет проведение эффективной терапии.

Цель исследования

Цель исследования. Изучение микробных паттернов мочи и антибиотикорезистентности уропатогенов в одном урологическом стационаре с 2010 по 2017 год.

Материалы и методы

Материалы и методы. Ретроспективно (2010 - 2017 гг.) проанализированы результаты бактериологического исследования и данные индивидуальных антибиотикограмм пациенток с РНИНМП (n=502). Критерии включения в исследование: согласие пациенток на участие в исследовании, наличие в анамнезе клинических проявлений РНИНМП, двух обострений в течение полугода или трех обострений в течение года, лейкоцитурия в общем анализе мочи, отсутствие в анамнезе и на момент исследования заболеваний, передающихся половым путем, а также вагинальных выделений. Проведены бактериологические исследования средней порции утренней мочи до назначения антибактериальной терапии с определением антибиотикочувствительности/резистентности и продукции р-лактамаз расширенного спектра выделенных микроорганизмов. Помимо стандартного набора питательных сред использовали хромогенные среды, аэробные и анаэробные условия культивирования. Статистический анализ проводили в среде статистической обработки и визуализации данных «Rver 3.2» («RFoundationforStatisticalComputing», Вена, Австрия).

Результаты

Результаты. В течение 8 летнего мониторинга микробиота мочи пациенток с РНИНМП характеризовалась определенным постоянством микробных паттернов, но с преобладанием (94,1% - 99,1%) анаэробно-аэробных ассоциаций. Антибиотикорезистентность большинства каузативных и дискутабельных уропатогенов нарастала, также нарастала частота обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра. Значимых отличий средних уровней бактериурии в исследуемый период для большинства таксонов микроорганизмов не выявлено.

Выводы

Выводы. У пациенток с РНИНМП частоты обнаружения E.coli колеблются около 50,0%, для других каузативных патогенов отмечен более низкий показатель частоты обнаружения, тогда как неклостридиальные анаэробные бактерии выделяются в 96,6% случаев. Нарастает антибиотикорезистентность каузативных и дискутабельных патогенов и увеличиваются частоты обнаружения энтеробактерий, продуцирующих р-лактамазы расширенного спектра, что диктует необходимость пересмотра этиологической структуры и подходов к эмпирической терапии РНИНМП.

Introduction

Introduction. There is no consensus on the management of patients with recurrent uncomplicated lower urinary tract infection (uLUTI), which makes it difficult to carry out effective therapy.

Purpose of the study

Purpose of the study. To study the microbial patterns of urine and uropathogens' antibiotic resistance in a urological hospital from 2010 to 2017.

Materials and methods

Materials and methods. The results of bacteriological studies and the data of individual antibiotic susceptibility testing of patients with recurrent uLUTI (n = 502) were retrospectively analyzed. Inclusion criteria of the study: consent of patients to participate in the study, the presence of clinical manifestations of recurrent uLUTI in anamnesis, two episodes within six months or three during the year, leukocyturia in the urinalysis, the absence of sexually transmitted diseases at the time of the study and in anamnesis and also vaginal discharge. Bacteriological studies of the midstream morning urine sample before the prescription of antibiotic therapy were carried out with the determination of antibiotic sensitivity/resistance and production of extended-spectrum p-lactamases. In addition to the standard set of culture media, chromogenic media, aerobic and anaerobic culturing conditions were used. Statistical analysis was performed in the statistical processing and data visualization environment «R ver 3.2» («R Foundation for Statistical Computing», Vienna, Austria).

Results

Results. During the 8-year monitoring of the microbiota, the urine of patients with recurrent uLUTI was characterized by a microbial pattern certain constancy, but with the predominance (94.1% - 99.1%) of anaerobic-aerobic associations. The antibiotic resistance of most causative and debatable uropathogens increased, and the detection frequency of enterobacteria producing extended-spectrum p-lactamases also increased. Significant differences in the average levels of bacteriuria in the study period for most taxa of microorganisms were not detected.

Conclusion

Conclusion. The detection frequencies of E. coli vary around 50.0%, for other causative pathogens a lower detection rate is noted, while non-clostridial anaerobic bacteria are excreted in 96.6% of cases in patients with recurrent uLUTI. The antibiotic resistance of causative and debatable pathogens and the detection frequencies of enterobacteria producing extended-spectrum p-lactamases are increasing, which necessitates a revision of the etiological structure and approaches to empirical therapy of recurrent uLUTI.

микробиота мочиантибиотикорезистентностьинфекции нижних мочевых путейurine microbiotaantibiotic resistancelower urinary tract infectionsReferencesШевяков М.А. Иммунотерапия инфекционно-воспалительных заболеваний мочевыводящих путей и ее эффективность. Урология. 2013;2:98-102. eLIBRARY ID: 19049071Shevyakov M.A. Immunotherapy of infectious and inflammatory diseases of the urinary tract and its effectiveness. Urologia. 2013;2:98-102 (In Russ.). eLIBRARY ID: 19049071Schaeffer AJ, Matulewicz RS, Klumpp DJ. Infections of the Urinary Tract. In Wein AJ, et al, editors, Campbell-Walsh Urology, Eleventh Edition. Philadelphia: Elsevier-Saunders. 2016Schaeffer AJ, Matulewicz RS, Klumpp DJ. Infections of the Urinary Tract. In Wein AJ, et al, editors, Campbell-Walsh Urology, Eleventh Edition. Philadelphia: Elsevier-Saunders. 2016Guidelines on urological infections. EAU. 2019; 1374.Guidelines on urological infections. EAU. 2019; 1374.Меньшиков В.В. Методики клинических лабораторных исследований. М.: Лабора; 2009.Menshikov V.V. Methods of clinical laboratory research. M.: Lab; 2009: 880. (In Russ.).Клинические рекомендации «Бактериологический анализ мочи». М.;2014.Clinical recommendations «Bacteriological analysis of urine». M.;2014. (In Russ.).Патент РФ № 2452774 «Способ определения бактериологической обсемененности мочи, секрета предстательной железы, эякулята» (Бюл. №16, 2012 г.). Авторы: Набока Ю.Л., Коган М.И., Гудима И.А. [и др.].RF patent No. 2452774 «Method for determining bacteriological contamination of urine, prostate secretion, ejaculate» (Bull. No. 16, 2012). Authors: Naboka Y.L., Kogan M.I., Gudima I.A. [and etc.]. (In Russ.).Методические указания МУК 4.2.18990-04 Определение чувствительности микроорганизмов к антибактериальным препаратам. М.; 2004.Methodological guidelines 4.2.18990-04 Determination of the sensitivity of microorganisms to antibacterial drugs. M.;2004. (In Russ.).Определение чувствительности микроорганизмов к антимикробным препаратам. Клинические рекомендации. Расширенное совещание межрегиональной ассоциации микробиологии и антимикробной химиотерапии (22.05.2015). М.; 2015.Determination of the sensitivity of microorganisms to antimicrobial agents. Clinical recommendations. Enlarged meeting of the interregional association of microbiology and an-timicrobialchemotherapy (05.22.2015). M.;2015. (In Russ.).Синякова, Л.А. Рецидивирующие инфекции нижних мочевых путей - междисциплинарная проблема. Медицинский совет. 2014;9:100-102. eLIBRARY ID: 22411056Sinyakova, L.A. Recurrent urinary tract infection is a crossdisciplinary problem. Medical advice. 2014;9:100-102. (In Russ.). eLIBRARY ID: 22411056Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., Эйдельштейн М.В., Перепанова Т.С., Козлов Р.С., Мутин М.Ю., Стребкова В.В., Тапальский Д.В., Аминева п.Г., Ветохина А.В., Сухорева М.В., Иванова И.А., Валиуллина И.Р., Лавриненко А.В., Частоедова А.Н., Широкова Т.М., Варибрус Е.В., Васильева И.Р., Доманская О.В., Беккер Г.Г., Кульчавеня Е.В., Плугин П. С., попова Л.Д., Елохина Е.В., Коган М.И., Набока Ю.Л., Жестков А.В., Лямин А.В., Хуснутдинова Т.А., Шипицына Е.В., Булкин А.Н., Москвитина Е.Н., Никифоровская Н.Н., Малев И.В., Варганова А.Н., Мартьянова Н.М., Быконя С.А., Волковская И.В., Малявин А.И., Сидорова Р.К., Хайдаршина Н.Э., Шамаева С.Х., Портнягина У.С., Ершова М.Г. Состояние антибиотикорезистентности возбудителей внебольничных инфекций мочевыводящих путей в России, Беларуси, Казахстане: результаты многоцентрового международного исследования «ДАРМИс-2018». Урология. 2020;1:19-31. https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.19-31palagin I.S., Sukhorukova M.V., Dehnich A.V., Edelstein M.V., perepanova T.S., Kozlov R.S. The state of antibiotic resistance of causative agents of community-acquired urinary tract infections in Russia, Belarus, and Kazakhstan: the results of the multicenter international study «DARMIS-2018». Urology. 2020;1:19-31. (In Russ.). https://doi.org/10.18565/urology.2020.1.19-31Gill SR, pop M, Deboy RT, Eckburg pB, Turnbaugh pJ, Samuel BS, Gordon JI, Relman Da, Fraser-Liggett cM, Nelson KE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science. 2006;312(5778):1355-9. https://doi.org/10.1126/sci-ence.1124234Gill SR, pop M, Deboy RT, Eckburg pB, Turnbaugh RJ, Samuel BS, Gordon JI, Relman DA, Fraser-Liggett cM, Nelson KE. Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome. Science. 2006;312(5778):1355-9. https://doi.org/10.1126/science.1124234Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh C, Nielsen T, pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, Cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage P, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le Paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, pelletier E, Renault P, Sicheritz-Ponten T, Turner K, Zhu H, Yu c, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, Pedersen O, Parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT Consortium, Bork P, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. https://doi.org/10.1038/nature08821Qin J, Li R, Raes J, Arumugam M, Burgdorf KS, Manichanh c, Nielsen T, pons N, Levenez F, Yamada T, Mende DR, Li J, Xu J, Li S, Li D, cao J, Wang B, Liang H, Zheng H, Xie Y, Tap J, Lepage p, Bertalan M, Batto JM, Hansen T, Le paslier D, Linneberg A, Nielsen HB, pelletier E, Renault p, Sicheritz-ponten T, Turner K, Zhu H, Yu c, Li S, Jian M, Zhou Y, Li Y, Zhang X, Li S, Qin N, Yang H, Wang J, Brunak S, Dore J, Guarner F, Kristiansen K, pedersen O, parkhill J, Weissenbach J; MetaHIT consortium, Bork p, Ehrlich SD, Wang J. A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature. 2010;464(7285):59-65. https://doi.org/10.1038/nature08821Backhed F, Fraser cM, Ringel Y, Sanders ME, Sartor RB, Sherman pm, Versalovic J, Young V, Finlay BB. Defining a healthy human gut microbiome: current concepts, future directions, and clinical applications. Cell Host Microbe. 2012;12(5):611-22. https://doi.org/10.1016/j.chom.2012.10.012Backhed F, Fraser cM, Ringel Y, Sanders ME, Sartor RB, Sherman pm, Versalovic J, Young V, Finlay BB. Defining a healthy human gut microbiome: current concepts, future directions, and clinical applications. Cell Host Microbe. 2012;12(5):611-22. https://doi.org/10.1016/jxhom.2012.10.012Rajilić-Stojanović M, de Vos WM. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev. 2014;38(5):996-1047. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12075Rajilić-Stojanović M, de Vos WM. The first 1000 cultured species of the human gastrointestinal microbiota. FEMS Microbiol Rev. 2014;38(5):996-1047. https://doi.org/10.1111/1574-6976.12075Sekirov I, Russell SL, Antunes Lc, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease. Physiol Rev. 2010;90(3):859-904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009Sekirov I, Russell SL, Antunes Lc, Finlay BB. Gut microbiota in health and disease. Physiol Rev. 2010;90(3):859-904. https://doi.org/10.1152/physrev.00045.2009Yildirim S, Shoskes D, Kulkarni S, Laguna p. Urinary microbiome in uncomplicated and interstitial cystitis: is there any similarity? World J Urol. 2020. https://doi.org/10.1007/s00345-020-03099-xYildirim S, Shoskes D, Kulkarni S, Laguna R Urinary microbiome in uncomplicated and interstitial cystitis: is there any similarity? World J Urol. 2020. https://doi.org/10.1007/s00345-020-03099-xНабока Ю.Л., Гудима И.А., Джалагония К.Т., Черницкая М.Л., Иванов С.Н. Микробиота мочи и толстого кишечника у женщин с рецидивирующем неосложненной инфекцией нижних мочевых путей. Вестник урологии. 2019;7(2):59-65. https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-2-59-65Naboka Y.L., Gudima I.A., Dzhalagoniya K.T., chernitskaya M.L., Ivanov S.N. Urine and colon microbiota in patients with recurrent uncomplicated lower urinary tract infection. Urology Herald. 2019;7(2):59-65. (In Russ.) https://doi.org/10.21886/2308-6424-2019-7-2-59-65Mulvey MA, Klumpp D.J., Stapleton A.E. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management. Washington, 2017.Mulvey MA, Klumpp D.J., Stapleton A.E. Urinary tract infections: molecular pathogenesis and clinical management. Washington, 2017.philpott H, Gibson p, Thien F. Irritable bowel syndrome -An inflammatory disease involving mast cells. Asia Pac Allergy. 2011;1(1):36-42. https://doi.org/10.5415/apallergy.2011.1.1.36philpott H, Gibson p, Thien F. Irritable bowel syndrome -An inflammatory disease involving mast cells. Asia Pac Allergy. 2011;1(1):36-42. https://doi.org/10.5415/apaller-gy.2011.1.1.36Kennedy PJ, Cryan JF, Dinan TG, Clarke G. Irritable bowel syndrome: a microbiome-gut-brain axis disorder? World J Gastroenterol. 2014;20(39):14105-25. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i39.14105Kennedy pJ, cryan JF, Dinan TG, clarke G. Irritable bowel syndrome: a microbiome-gut-brain axis disorder? World J Gastroenterol. 2014;20(39):14105-25. https://doi.org/10.3748/wjg.v20.i39.14105Turnbaugh pJ, Hamady M, Yatsunenko T, cantarel BL, Duncan A, Ley RE, Sogin ML, Jones WJ, Roe BA, Affourtit Jp, Egholm M, Henrissat B, Heath Ac, Knight R, Gordon JI. A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4. https://doi.org/10.1038/nature07540Turnbaugh pJ, Hamady M, Yatsunenko T, cantarel BL, Duncan A, Ley RE, Sogin ML, Jones WJ, Roe BA, Affourtit JP, Egholm M, Henrissat B, Heath AC, Knight R, Gordon JI. A core gut microbiome in obese and lean twins. Nature. 2009;457(7228):480-4. https://doi.org/10.1038/na-ture07540Lozupone ca, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-30. https://doi.org/10.1038/nature11550Lozupone CA, Stombaugh JI, Gordon JI, Jansson JK, Knight R. Diversity, stability and resilience of the human gut microbiota. Nature. 2012;489(7415):220-30. https://doi.org/10.1038/nature11550Dore J, Corthier G. Le microbiote intestinal humain [The human intestinal microbiota]. Gastroenterol Clin Biol. 2010;34 Suppl 1:S7-15. French. https://doi.org/10.1016/S0399-8320(10)70015-4Dore J, Corthier G. Le microbiote intestinal humain [The human intestinal microbiota]. Gastroenterol Clin Biol. 2010;34 Suppl 1:S7-15. French. https://doi.org/10.1016/S0399-8320(10)70015-4Lepage P, Leclerc MC, Joossens M, Mondot S, Blottiere HM, Raes J, Ehrlich D, Dore J. A metagenomic insight into our gut's microbiome. Gut. 2013;62(1):146-58. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805Lepage P, Leclerc MC, Joossens M, Mondot S, Blottiere HM, Raes J, Ehrlich D, Dore J. A metagenomic insight into our gut's microbiome. Gut. 2013;62(1):146-58. https://doi.org/10.1136/gutjnl-2011-301805Ситкин С.И., Ткаченко Е.И., Вахитов Т.Я. Филометаболическое ядро микробиоты кишечника. Альманах клинической медицины. 2015;40:12-34. eLIBRARY ID: 24210498Sitkin S.I., Tkachenko E.I., Vakhitov T.Ya. The phylometabolic core of the microbiota of the intestine. Almanac of clinical medicine. 2015;40:12-34. (In Russ.). eLIBRARY ID: 24210498

The authors declare that there are no conflicts of interest present.