urovestВестник урологииUrology Herald2308-6424Rostov State Medical University10.21886/2308-6424-2018-6-3-44-49urovest-218Research ArticleОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИORIGINAL ARTICLESВирусо-бактеральные ассоциации, верифицированные в моче здоровых людей (пилотное исследование)Virus and bacterial associations verified in the urine of healthy subjects (pilot study)https://orcid.org/0000-0002-0937-4573НабокаЮ. Л.NabokaYu. L.

Набока Юлия Лазаревна ‒ доктор медицинских наук, профессор; заведующая кафедрой микробиологии и вирусологии №1.

Ростов-на-Дону

Yulia L. Naboka ‒ M.D., Ph.D., Full Professor, Head of the Department of Microbiology and Virology №1.

Rostov-on-Don

nagu22@mail.ruhttps://orcid.org/0000-0001-8433-8567ИльяшА. В.Il’yashA. V.

Ильяш Анна Владимировна ‒ кандидат медицинских наук., ассистент кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии ФПК и ППС.

Ростов-на-Дону, тел.: +7 (928) 103-23-33

Anna V. Il’yash ‒ M.D., Ph.D. doctoral candidate, Assistant of Professor, Department of Urology and Human Reproductive Health with the course of Pediatric Urology-andrology Advanced Training and Specialist Professional Retraining Faculty.

Rostov-on-Don, tel.: +7 (928) 103-23-33

annailyash@yandex.ruhttps://orcid.org/0000-0003-1540-6647КрахоткинД. В.KrakhotkinD. V.

Крахоткин Денис Валерьевич – аспирант кафедры урологии и репродуктивного здоровья человека с курсом детской урологии-андрологии.

Denis V. Krakhotkin – M.D., Post-graduate student of the Department of Urology and Human Reproductive Health with the course of Pediatric Urology-andrology Advanced Training and Specialist Professional Retraining Faculty.

Rostov-on-Don

den_surgeon@mail.ruФГБОУ ВО «Ростовский государственный медицинский университет» MЗ РФРоссияRostov State Medical UniversityRussian Federation201827102018634449Copyright © Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В., 20182018Набока Ю.Л., Ильяш А.В., Крахоткин Д.В.Naboka Y.L., Il’yash A.V., Krakhotkin D.V.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.urovest.ru/jour/article/view/218Введение

Введение. В настоящий момент появляется всё больше новых данных о том, что моча здорового человека имеет свою уникальную микробиоту и виробиоту. Тем не менее в этиологии и патогенезе воспалительных заболеваний мочевой системы наиболее изучена бактериальная составляющая, а вирусный компонент, как правило, остаётся за рамками стандартного клинического обследования пациентов.

Цель исследования

Цель исследования. Изучение вирусно-бактериальных ассоциаций в моче здоровых людей.

Материалы и методы

Материалы и методы. Обследованы 20 здоровых сексуально активных женщин и мужчин, которые по гендерному признаку разделены на группы: I группа – женщины (n=10), II группа – мужчины (n=10). Средний возраст обследуемых составил 22,4±1,2 года.

Результаты

Результаты. Бактериологическое исследование показало, что в моче здоровых женщин доминируют Lactobacillus spp. (90,0%), Peptococcus spp. (80,0%), Propionibacterium spp. (70,0%), а в моче здоровых мужчин – Eubacterium spp. (70,0%) и Peptostreptococcus spp. (40,0%). При проведении полимеразной цепной реакции мочи в 40,0% случаев выявлены папилломные (HPV) и герпетические (HSV) вирусы. В I группе верифицированы HPV (20,0%) и HSVII (10,0%), во II группе – только HPV (10,0%). Во всех случаях при обнаружении вирусов в моче их регистрировали в составе вирусо-бактериальных ассоциаций. У одной здоровой женщины в моче обнаружены ассоциации HPV+HSVII.

Выводы

Выводы. Данные о верификации различных таксонов вирусов в моче здоровых людей являются основой для понимания и детализации этиологической структуры инфекций мочевой системы. Дальнейшие исследования должны быть направлены на увеличение когорты обследуемых здоровых людей для получения корректной фактограммы бактериальных и вирусных паттернов, присутствующих в моче здоровых людей.

Introduction

Introduction. CCurrently, there are more and more new data that the urine of the healthy subject has its own unique microbiota and virobiota. Nevertheless, in the etiology and pathogenesis of the inflammatory diseases of the urinary system, the bacterial component is the most studied, but the viral component, as a rule, remains outside the scope of the standard clinical examination of patients. Objectives. To investigate the viral-bacterial associations in the urine of healthy subjects.

Materials and methods

Materials and methods. The 20 healthy sexually active women and men were examined, which are divided into groups according to gender: Group I – women (n = 10), Group II – men (n = 10). The average age of the subjects was 22.4 ± 1.2 years.

Results

Results. Bacteriological examination showed that in the urine of healthy women predominates Lactobacillus spp. (90,0%), Peptococcus spp. (80.0%), Propionibacterium spp. (70.0%), and in the urine of healthy men - Eubacterium spp. (70.0%) and Peptostreptococcus spp. (40.0%). During the polymerase chain reaction of urine were detected the papilloma (HPV) and herpetic (HSV) viruses in 40.0% of cases. In group I were verified HPV (20.0%) and HSVII (10.0%), in group II was found only the HPV (10.0%). In all cases, when viruses were detected in the urine, they were recorded as part of virus-bacterial associations. In one healthy woman in the urine were found HPV + HSVII associations

Conclusions

Conclusions. The findings about of verification different taxa of viruses in the urine of healthy subjects are the basis for understanding and detailing the etiological structure of infections of the urinary system. The further studies should be aimed for increasing the cohort of healthy subjects in order to obtain the correct factograms of bacterial and viral patterns which present in their urine.

инфекции мочевых путеймикробиота и виробиота мочи здорового человекавирусыгерпесвирусвирус папилломы человекаurinary tract infectionsmicrobiota and virobiota urine of a healthy subjectsvirusesherpes virushuman papillomavirusReferencesThomas-White K, Brady M, Wolfe AJ, Mueller ER. The bladder is not sterile: history and current discoveries on the urinary microbiome. Curr Bladder Dysfunct Rep. 2016;11(1):18–24. DOI: 10.1007/s11884-016-0345-8Thomas-White K, Brady M, Wolfe AJ, Mueller ER. The bladder is not sterile: history and current discoveries on the urinary microbiome. Curr Bladder Dysfunct Rep. 2016;11(1):18–24. DOI: 10.1007/s11884-016-0345-8Kogan MI, Naboka YL, Ibishev KS, Gudima IA, Naber KG.Human urine is not sterile - shi of paradigm. Urol Int. 2015;94(4):445-52. DOI: 10.1159/000369631Kogan MI, Naboka YL, Ibishev KS, Gudima IA, Naber KG.Human urine is not sterile - shi of paradigm. Urol Int. 2015;94(4):445-52. DOI: 10.1159/000369631Santiago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. The human urine virome in association with urinary tract infections. Front Microbiol. 2015;6:14. DOI: 10.3389/fmicb.2015.00014San ago-Rodriguez TM, Ly M, Bonilla N, Pride DT. The human urine virome in associa on with urinary tract infec ons. Front Microbiol. 2015;6:14. DOI: 10.3389/fmicb.2015.00014Wolfe AJ, Toh E, Shibata N, Rong R, Kenton K, Fitzgerald M, Mueller ER, Schreckenberger P, Dong Q, Nelson DE, Brubaker L. Evidence of uncultivated bacteria in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2012 A;50(4):1376-83. DOI: 10.1128/JCM.05852-11Wolfe AJ, Toh E, Shibata N, Rong R, Kenton K, Fitzgerald M, Mueller ER, Schreckenberger P, Dong Q, Nelson DE, Brubaker L. Evidence of uncul vated bacteria in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2012 A;50(4):1376-83. DOI: 10.1128/JCM.05852-11Nelson DE, Dong Q, Van der Pol B, Toh E, Fan B, Katz BP, Mi D, Rong R, Weinstock GM, Sodergren E, Fortenberry JD. Bacterial communities of the coronal sulcus and distal urethra of adolescent males. PLoS One. 2012;7(5):e36298. DOI: 10.1371/journal.pone.0036298Nelson DE, Dong Q, Van der Pol B, Toh E, Fan B, Katz BP, Mi D, Rong R, Weinstock GM, Sodergren E, Fortenberry JD. Bacterial communi es of the coronal sulcus and distal urethra of adolescent males. PLoS One. 2012;7(5):e36298. DOI: 10.1371/journal.pone.0036298Coomes EA, Wolfe Jacques A, Michelis FV, Kim DDH, Thyagu S, Viswabandya A, Lipton JH, Messner HA, Deotare U. Efficacy of Cidofovir in Treatment of BK Virus-Induced Hemorrhagic Cystitis in Allogeneic Hematopoietic Cell Transplant Recipients. Biol Blood Marrow Transplant. 2018;24(9):1901-1905. DOI: 10.1016/j.bbmt.2018.04.009Coomes EA, Wolfe Jacques A, Michelis FV, Kim DDH, Thyagu S, Viswabandya A, Lipton JH, Messner HA, Deotare U. Effi cacy of Cidofovir in Treatment of BK Virus-Induced Hemorrhagic Cys s in Allogeneic Hematopoie c Cell Transplant Recipients. Biol Blood Marrow Transplant. 2018;24(9):19011905. DOI: 10.1016/j.bbmt.2018.04.009Helanterä I, Hirsch HH, Wernli M, Ortiz F, Lempinen M, Räisänen-Sokolowski A, Auvinen E, Mannonen L, Lautenschlager I. Simultaneous BK Polyomavirus (BKPyV)associated nephropathy and hemorrhagic cystitis after living donor kidney transplantation. J Clin Virol. 2016;76:47. DOI: 10.1016/j.jcv.2015.12.008Helanterä I, Hirsch HH, Wernli M, Or z F, Lempinen M, Räisänen-Sokolowski A, Auvinen E, Mannonen L, Lautenschlager I. Simultaneous BK Polyomavirus (BKPyV)-associated nephropathy and hemorrhagic cys s a er living donor kidney transplanta on. J Clin Virol. 2016;76:4-7. DOI: 10.1016/j.jcv.2015.12.008Dosin G, Aoun F, El Rassy E, Assi T, Lewalle P, Blanc J, van Velthoven R, Bron D. Viral-induced Hemorrhagic Cystitis After Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplant. Clin Lymphoma Myeloma Leuk. 2017;17(7):438-442. DOI: 10.1016/j.clml.2017.05.013Dosin G, Aoun F, El Rassy E, Assi T, Lewalle P, Blanc J, van Velthoven R, Bron D. Viral-induced Hemorrhagic Cys s A er Allogeneic Hematopoie c Stem Cell Transplant. Clin Lymphoma Myeloma Leuk. 2017;17(7):438-442. DOI: 10.1016/j.clml.2017.05.013Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. The microbiome of the urinary tract--a role beyond infection. Nat Rev Urol. 2015;12(2):81-90. DOI: 10.1038/nrurol.2014.361Whiteside SA, Razvi H, Dave S, Reid G, Burton JP. The microbiome of the urinary tract--a role beyond infec on. Nat Rev Urol. 2015;12(2):81-90. DOI: 10.1038/nrurol.2014.361Santiago-Rodriguez TM. Identification and Quantification of DNA Viral Populations in Human Urine Using NextGeneration Sequencing Approaches. Methods Mol Biol. 2018;1838:191-200. DOI: 10.1007/978-1-4939-8682-8_14San ago-Rodriguez TM. Iden fi ca on and Quan fi ca on of DNA Viral Popula ons in Human Urine Using NextGenera on Sequencing Approaches. Methods Mol Biol. 2018;1838:191-200. DOI: 10.1007/978-1-4939-8682-8_14Набока Ю.Л., Гудима И.А., Мирошничнко Е.А. Коган М. И., Ибишев X.С., Васильева Л.И. Этиологическая структура и антибиотикочувствительность уропатогенов при хронической рецидивирующей инфекции нижних мочевых путей. Урология. 2011;6:12-15.Naboka YuL, Gudima IA., Ibishev KhS, Miroshnichenko EA, Kogan MI, Vasilieva LI. E ological structure and an bio c sensi vity of uropathogens in chronic recurrent infec on of the lower urinary tract. Urologiia. 2011;6:12-15. (In Russ.)Набока Ю.Л., Коган М.И., Васильева Л.И., Гудима И.А., Мирошниченко Е.А., Ибишев Х.С. Бактериальная микстинфекция у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2011;1:8–12.Naboka YuL, Kogan MI, Vasilyeva LI, Gudima IA, Miroshnichenko EA, Ibishev KhS. Bacterial mixed infec on in women with chronic recurrent cys s. Zhurnal mikrobiologii, jepidemiologii i immunobiologii. 2011;1:8–12. (In Russ.)Набока Ю.Л., Гудима И.А., Коган М.И., Ибишев Х.С., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи и биоптатов мочевого пузыря у женщин с хроническим рецидивирующим циститом. Урология. 2013;4:16-18.Naboka YuL, Gudyma IA, Kogan MI, Ibishev KhS, Chernitskaya ML. The microbial spectrum of urine and bladder biop c samples in women with chronic recurrent cys s. Urologiia. 2013;4:16-18. (In Russ.)Ибишев Х.С. Некоторые аспекты лечения персистирующей инфекции нижних мочевыводящих путей у женщин. Урология. 2014;5:30-34.Ibishev KhS. Some aspects of the treatment of persistent lower 30 urinary tract infec ons in women. Urologiia. 2014;5:30-34. (In Russ.)Набока Ю.Л., Гудима И.А. Коган М.И., Черницкая М.Л. Микробный спектр мочи молодых здоровых женщин. Урология. 2010;5:7-10.Naboka YuL, Gudyma IA, Kogan MI, Chernitskaya ML. Bacterial spectrum of the urine in young healthy women. Urologiia. 2010;5:7-10. (In Russ.)Коган М.И., Набока Ю.Л., Гудима И.А., Газаев З.И., Ибишев Х.С., Митусова Е.В. Новый взгляд на этиологическую структуру острого обструктивного пиелонефрита. Современные проблемы науки и образования. 2012;4:68. Доступно по: http://science-education.ru/ru/article/view?id=6878 Ссылка активна на 01.08.2018.Kogan MI, Naboka YuL, Gudima IA, Gazaev ZI., Ibishev KhS, Mitusova EV. New view on etiological structure of the acute obstructive pyelonephritis. Modern problems of science and education. 2012;4:68. Available at: http://science-education.ru/ru/article/view?id=6878 Accessed08/01/2018. (In Russ.)Ибишев Х.С., Крахоткин Д.В., Васильев А.А., Крайний П.А. Рецидивирующая инфекция нижних мочевых путей вирусной этиологии. Вестник урологии. 2017;5(1):26-31. DOI: 10.21886/2308-6424-2017-5-1-26-31Ibishev HS, Krakhotkin DV, Vasiliev AA, Krayniy PA. Viral etiology of recurrent urinary tract infections. Herald Urology. 2017;5(1):26-31. (In Russ.). DOI: 10.21886/23086424-2017-5-1-26-31Masutani K. Viral infec ons directly involved in kidney allogra func on. Nephrology (Carlton). 2018;23 Suppl 2:3137. DOI: 10.1111/nep.13285Masutani K. Viral infec ons directly involved in kidney allogra func on. Nephrology (Carlton). 2018;23 Suppl 2:3137. DOI: 10.1111/nep.13285Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. DOI: 10.1186/1471-2180-11-244Siddiqui H, Nederbragt AJ, Lagesen K, Jeansson SL, Jakobsen KS. Assessing diversity of the female urine microbiota by high throughput sequencing of 16S rDNA amplicons. BMC Microbiol. 2011;11:244. DOI: 10.1186/1471-2180-11-244Hilt EE, McKinley K, Pearce MM, Rosenfeld AB, Zilliox MJ, Mueller ER, Brubaker L, Gai X, Wolfe AJ, Schreckenberger PC. Urine is not sterile: use of enhanced urine culture techniques to detect resident bacterial flora in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2014;52(3):871-6. DOI: 10.1128/JCM.02876-13. Epub 2013 Dec 26Hilt EE, McKinley K, Pearce MM, Rosenfeld AB, Zilliox MJ, Mueller ER, Brubaker L, Gai X, Wolfe AJ, Schreckenberger PC. Urine is not sterile: use of enhanced urine culture techniques to detect resident bacterial fl ora in the adult female bladder. J Clin Microbiol. 2014;52(3):871-6. DOI: 10.1128/JCM.02876-13. Epub 2013 Dec 26Gottschick C, Deng ZL, Vital M, Masur C, Abels C, Pieper DH, Wagner-Döbler I. The urinary microbiota of men and women and its changes in women during bacterial vaginosis and antibiotic treatment. Microbiome. 2017;5(1):99. DOI: 10.1186/s40168-017-0305-3Go schick C, Deng ZL, Vital M, Masur C, Abels C, Pieper DH, Wagner-Döbler I. The urinary microbiota of men and women and its changes in women during bacterial vaginosis and an bio c treatment. Microbiome. 2017;5(1):99. DOI: 10.1186/s40168-017-0305-3Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, Huang ST, Ljungberg I, Sprague BM, Lucas SK, Torralba M, Nelson KE, Groah SL. Integrated next-generation sequencing of 16S rDNA and metaproteomics differentiate the healthy urine microbiome from asymptomatic bacteriuria in neuropathic bladder associated with spinal cord injury. J Transl Med. 2012;10:174. DOI: 10.1186/1479-5876-10-174Fouts DE, Pieper R, Szpakowski S, Pohl H, Knoblach S, Suh MJ, Huang ST, Ljungberg I, Sprague BM, Lucas SK, Torralba M, Nelson KE, Groah SL. Integrated next-genera on sequencing of 16S rDNA and metaproteomics diff eren ate the healthy urine microbiome from asymptoma c bacteriuria in neuropathic bladder associated with spinal cord injury. J Transl Med. 2012;10:174. DOI: 10.1186/1479-5876-10-174

The authors declare that there are no conflicts of interest present.